222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3408 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3408  Endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 152 aa  306  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1346  endoribonuclease L-PSP  78.95 
 
 		 152 aa  246  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00288796  normal  0.104373 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0932  Endoribonuclease L-PSP  79.61 
 
 		 152 aa  245  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.315119  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1018  endoribonuclease L-PSP  78.95 
 
 		 152 aa  243  4.9999999999999997e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.386479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2609  endoribonuclease L-PSP  75.5 
 
 		 152 aa  241  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56142 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5691  endoribonuclease L-PSP  77.33 
 
 		 152 aa  232  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2270  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 152 aa  230  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1740  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 152 aa  230  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2388  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 152 aa  230  6e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.921996  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2352  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 152 aa  230  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0927  endoribonuclease L-PSP  76 
 
 		 152 aa  229  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.553211 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1212  Endoribonuclease L-PSP  75.33 
 
 		 154 aa  229  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2373  endoribonuclease L-PSP  75.33 
 
 		 152 aa  229  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1204  endoribonuclease L-PSP  76.51 
 
 		 156 aa  229  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.375276 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2555  hypothetical protein  74.34 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.853817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2506  endoribonuclease L-PSP  81.46 
 
 		 151 aa  228  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.101057  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2118  endoribonuclease L-PSP  74.67 
 
 		 154 aa  228  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124484  normal  0.0891562 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0402  endoribonuclease L-PSP  73.03 
 
 		 152 aa  227  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666223 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0950  L-PSP family endoribonuclease  74 
 
 		 164 aa  226  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.449669  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1313  L-PSP family endoribonuclease  74 
 
 		 164 aa  224  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221061  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0708  L-PSP family endoribonuclease  74 
 
 		 155 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2223  L-PSP family endoribonuclease  74 
 
 		 152 aa  223  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2542  L-PSP family endoribonuclease  74 
 
 		 152 aa  223  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455947  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1153  putative endoribonuclease L-PSP  74 
 
 		 152 aa  223  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1162  putative endoribonuclease L-PSP  74 
 
 		 152 aa  223  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2072  putative endoribonuclease L-PSP  74 
 
 		 152 aa  223  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.110705  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3333  hypothetical protein  76.82 
 
 		 154 aa  221  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.440014  normal  0.330579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5081  endoribonuclease L-PSP  71.05 
 
 		 152 aa  221  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0190721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2348  endoribonuclease L-PSP  74.83 
 
 		 151 aa  216  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2512  endoribonuclease L-PSP  75.5 
 
 		 150 aa  216  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.796499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3162  endoribonuclease L-PSP  76.67 
 
 		 155 aa  211  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.567156  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0986  hypothetical protein  67.55 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0698758  normal  0.152684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0847  Endoribonuclease L-PSP  72.79 
 
 		 156 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00708228  normal  0.528275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0916  Endoribonuclease L-PSP  72.79 
 
 		 156 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.139977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0904  endoribonuclease L-PSP  67.33 
 
 		 151 aa  188  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0938  Endoribonuclease L-PSP  63.33 
 
 		 152 aa  181  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3793  endoribonuclease L-PSP  51.7 
 
 		 154 aa  147  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.756407 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13709  hypothetical protein  53.59 
 
 		 151 aa  143  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0525391 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47655  predicted protein  45.89 
 
 		 185 aa  137  7e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00618585  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_37922  predicted protein  45.89 
 
 		 185 aa  137  7e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00476754  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1944  Endoribonuclease L-PSP  50.66 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2027  endoribonuclease L-PSP  47.68 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0633724  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6426  endoribonuclease L-PSP  47.97 
 
 		 153 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.576265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1379  endoribonuclease L-PSP  46.36 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6138  endoribonuclease L-PSP  47.3 
 
 		 153 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2477  endoribonuclease L-PSP  46.71 
 
 		 153 aa  133  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.738257  normal  0.0496442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4751  putative endoribonuclease L-PSP (protein synthesis inhibitor)  48.68 
 
 		 155 aa  133  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.708532  normal  0.751414 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1554  Endoribonuclease L-PSP  49.01 
 
 		 168 aa  132  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0200  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 153 aa  130  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.151399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1504  endoribonuclease L-PSP  48.61 
 
 		 155 aa  130  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.910903  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2153  endoribonuclease L-PSP, putative  45.58 
 
 		 152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2408  endoribonuclease L-PSP  48.34 
 
 		 155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.628638  normal  0.167618 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4853  Endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 154 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3735  endoribonuclease L-PSP  48.3 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0323381  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1165  hypothetical protein  45.03 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1122  hypothetical protein  45.03 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.457332  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3343  Endoribonuclease L-PSP  41.45 
 
 		 152 aa  128  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0721684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0713  Endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 		 152 aa  127  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2531  hypothetical protein  44.08 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1577  Endoribonuclease L-PSP  44.37 
 
 		 156 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.401191  normal  0.481334 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3043  endoribonuclease L-PSP  47.02 
 
 		 155 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2319  endoribonuclease L-PSP  45.16 
 
 		 157 aa  125  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3546  Endoribonuclease L-PSP  47.68 
 
 		 155 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2736  endoribonuclease L-PSP  48.67 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2448  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 155 aa  124  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.514496  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1645  Endoribonuclease L-PSP  41.5 
 
 		 156 aa  124  6e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.827325 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4551  Endoribonuclease L-PSP  44.52 
 
 		 157 aa  123  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2457  endoribonuclease L-PSP  47.3 
 
 		 153 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5091  hypothetical protein  42.47 
 
 		 163 aa  123  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0250  endoribonuclease L-PSP  49.34 
 
 		 152 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1427  endoribonuclease L-PSP  47.68 
 
 		 155 aa  122  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.426351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1123  endoribonuclease L-PSP  44.59 
 
 		 155 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.321047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0465  hypothetical protein  50 
 
 		 152 aa  122  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.346493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1774  Endoribonuclease L-PSP  45.27 
 
 		 156 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2803  endoribonuclease L-PSP  47.97 
 
 		 155 aa  121  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.117143  normal  0.432336 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0894  hypothetical protein  48.03 
 
 		 152 aa  121  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2553  endoribonuclease L-PSP  48.03 
 
 		 152 aa  121  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0435  endoribonuclease L-PSP  43.54 
 
 		 155 aa  120  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4070  endoribonuclease L-PSP  43.23 
 
 		 162 aa  120  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.256894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3178  Endoribonuclease L-PSP  44.03 
 
 		 177 aa  120  8e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.738101 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1530  endoribonuclease L-PSP  43.14 
 
 		 160 aa  120  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0668  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 155 aa  120  8e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1792  endoribonuclease L-PSP  41.83 
 
 		 156 aa  120  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.282183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3144  endoribonuclease L-PSP  41.33 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.147772 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0434  Endoribonuclease L-PSP  48 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.51654 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2988  endoribonuclease L-PSP  46.62 
 
 		 164 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0137  endoribonuclease L-PSP  46.48 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4437  Endoribonuclease L-PSP  43.23 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.062411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0241  Endoribonuclease L-PSP  52.63 
 
 		 152 aa  118  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.206377  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1062  Endoribonuclease L-PSP  45.89 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2706  Endoribonuclease L-PSP  38.82 
 
 		 153 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.253512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3313  endoribonuclease L-PSP  44.08 
 
 		 155 aa  117  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.129795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1092  endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 151 aa  117  7e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3580  endoribonuclease L-PSP  43.42 
 
 		 153 aa  116  9e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  0.209775 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3105  endoribonuclease L-PSP  48.32 
 
 		 155 aa  116  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.473778  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1369  endoribonuclease L-PSP  49.66 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.324136 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6537  endoribonuclease L-PSP  41.94 
 
 		 157 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21507  normal  0.550061 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3462  endoribonuclease L-PSP  42.57 
 
 		 159 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0120904 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3039  Endoribonuclease L-PSP  47.4 
 
 		 157 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0332  endoribonuclease L-PSP  48.98 
 
 		 163 aa  114  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0921694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>