More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1763 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0093  DNA primase  61.91 
 
 		 653 aa  734    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.244748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  65.22 
 
 		 674 aa  799    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  100 
 
 		 659 aa  1341    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  62.28 
 
 		 676 aa  785    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  67.33 
 
 		 625 aa  840    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  64.1 
 
 		 660 aa  806    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3137  DNA primase  66.97 
 
 		 653 aa  813    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2484  DNA primase  66.82 
 
 		 658 aa  813    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  64.01 
 
 		 677 aa  801    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  55.46 
 
 		 598 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2490  putative DNA primase protein  53.34 
 
 		 606 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951822  normal  0.8529 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  61.12 
 
 		 636 aa  533  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  59.35 
 
 		 622 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  59.35 
 
 		 622 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3642  DNA primase  58.53 
 
 		 625 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3885  DNA primase  58.53 
 
 		 625 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.987209  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3942  DNA primase  57.63 
 
 		 630 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2205  DNA primase  58.57 
 
 		 638 aa  525  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4481  DNA primase  58.41 
 
 		 800 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  60.95 
 
 		 603 aa  521  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  61.73 
 
 		 603 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6775  DNA primase  58.82 
 
 		 623 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0278611 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2821  DNA primase  58.73 
 
 		 622 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0338  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0834  DNA primase  60.27 
 
 		 624 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2385  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2607  DNA primase  62.82 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.496345  normal  0.674189 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1519  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1712  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0372  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2526  DNA primase  60.5 
 
 		 624 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0620  DNA primase  60.22 
 
 		 625 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  49.72 
 
 		 645 aa  508  9.999999999999999e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2216  DNA primase  61.42 
 
 		 603 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0887  DNA primase  61.88 
 
 		 604 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612944  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  54.55 
 
 		 652 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  47.74 
 
 		 652 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0527  DNA primase  52.89 
 
 		 578 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  47.3 
 
 		 660 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  47.71 
 
 		 651 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  48.19 
 
 		 655 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  47.1 
 
 		 660 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  52.13 
 
 		 656 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  47.3 
 
 		 660 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  46.91 
 
 		 660 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  53.3 
 
 		 631 aa  435  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  51 
 
 		 576 aa  433  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  45.54 
 
 		 663 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  48.85 
 
 		 663 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  49.23 
 
 		 592 aa  425  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  50.82 
 
 		 664 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  46.93 
 
 		 638 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2387  DNA primase  51.35 
 
 		 565 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  50.12 
 
 		 588 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  48.42 
 
 		 586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  50.9 
 
 		 613 aa  401  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  395  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  49.16 
 
 		 586 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  395  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  46.44 
 
 		 581 aa  394  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  46.22 
 
 		 581 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  45.56 
 
 		 584 aa  395  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  47.86 
 
 		 617 aa  393  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  46.56 
 
 		 584 aa  394  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  45.76 
 
 		 581 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  43.52 
 
 		 577 aa  389  1e-107  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  46.19 
 
 		 576 aa  392  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  48.24 
 
 		 571 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  43.06 
 
 		 578 aa  388  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  46.14 
 
 		 584 aa  386  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  45.75 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  46.44 
 
 		 582 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  45.75 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  46.34 
 
 		 584 aa  389  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  45.75 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  44.65 
 
 		 553 aa  385  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  48.71 
 
 		 585 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  44.67 
 
 		 574 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  44.42 
 
 		 572 aa  383  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  45.98 
 
 		 574 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  46.44 
 
 		 574 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  46.21 
 
 		 574 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  46.79 
 
 		 609 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  46.21 
 
 		 574 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  42.83 
 
 		 583 aa  379  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  45.98 
 
 		 574 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  45.98 
 
 		 574 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  45.98 
 
 		 574 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  46.44 
 
 		 574 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  41.07 
 
 		 666 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  45.98 
 
 		 574 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  45.75 
 
 		 574 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  44.37 
 
 		 573 aa  375  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  45.67 
 
 		 581 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  45.67 
 
 		 581 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>