More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2387 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2387  DNA primase  100 
 
 
565 aa  1144    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  50.59 
 
 
592 aa  535  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  49.91 
 
 
576 aa  511  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0527  DNA primase  50.44 
 
 
578 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  57.54 
 
 
631 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  53.51 
 
 
622 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  53.51 
 
 
622 aa  465  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2205  DNA primase  53.31 
 
 
638 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3642  DNA primase  52.76 
 
 
625 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3885  DNA primase  52.76 
 
 
625 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.987209  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4481  DNA primase  52.56 
 
 
800 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3942  DNA primase  51.75 
 
 
630 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  52.08 
 
 
636 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  43.22 
 
 
609 aa  452  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2607  DNA primase  52.92 
 
 
613 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.496345  normal  0.674189 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1519  DNA primase  45.23 
 
 
624 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0338  DNA primase  45.23 
 
 
624 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0834  DNA primase  45.23 
 
 
624 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0372  DNA primase  47.2 
 
 
624 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2526  DNA primase  45.23 
 
 
624 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2385  DNA primase  45.23 
 
 
624 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2821  DNA primase  53.2 
 
 
622 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6775  DNA primase  53.53 
 
 
623 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0278611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  53.69 
 
 
617 aa  445  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1712  DNA primase  47.2 
 
 
624 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  52.1 
 
 
645 aa  442  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  51.28 
 
 
603 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0620  DNA primase  51.75 
 
 
625 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  42.5 
 
 
586 aa  435  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0887  DNA primase  46.4 
 
 
604 aa  438  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  50.45 
 
 
660 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  51.47 
 
 
663 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  52.1 
 
 
603 aa  435  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  50 
 
 
660 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  53.92 
 
 
638 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  51.31 
 
 
651 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  54.44 
 
 
598 aa  435  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  51.16 
 
 
655 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  43.71 
 
 
588 aa  435  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  51.78 
 
 
660 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  50 
 
 
660 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2216  DNA primase  47.4 
 
 
603 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  51.07 
 
 
652 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  43.5 
 
 
574 aa  429  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  42.29 
 
 
586 aa  430  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  50.34 
 
 
663 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  52.96 
 
 
664 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  45.23 
 
 
571 aa  427  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  51.8 
 
 
656 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  52.35 
 
 
652 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  40.61 
 
 
585 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0093  DNA primase  52.8 
 
 
653 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.244748  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  48.88 
 
 
574 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  42.78 
 
 
575 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  53.18 
 
 
677 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  49.2 
 
 
574 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  40.96 
 
 
576 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  42.98 
 
 
582 aa  412  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  48.88 
 
 
574 aa  415  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  48.88 
 
 
574 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  42.18 
 
 
601 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  41.23 
 
 
575 aa  410  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  50.61 
 
 
574 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  52.38 
 
 
576 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  50.35 
 
 
660 aa  411  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  40.82 
 
 
584 aa  411  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1039  DNA primase  40.68 
 
 
588 aa  411  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00521157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  41.78 
 
 
574 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  51.35 
 
 
659 aa  406  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  47.13 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  42.16 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  53.24 
 
 
674 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  41.78 
 
 
574 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  42.16 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  49.64 
 
 
574 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  41.92 
 
 
581 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  43.11 
 
 
581 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  41.78 
 
 
574 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  41.78 
 
 
574 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  47.43 
 
 
573 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  50.12 
 
 
676 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  42.16 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  45.53 
 
 
577 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  41.75 
 
 
581 aa  404  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  51.75 
 
 
625 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  42.02 
 
 
584 aa  405  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  43.65 
 
 
579 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  41.75 
 
 
581 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  45.53 
 
 
584 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  40.75 
 
 
584 aa  402  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  44.96 
 
 
578 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0462  DNA primase  45.93 
 
 
559 aa  402  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  42.54 
 
 
581 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  44.54 
 
 
583 aa  398  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>