More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0712 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0712  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 125 aa  229  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3566  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 		 131 aa  117  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.276347 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4958  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 103 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  56.04 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  56.67 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  53.33 
 
 		 90 aa  92.8  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  53.33 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  52.22 
 
 		 90 aa  92  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3512  histone-like DNA-binding protein  52.81 
 
 		 99 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.848806  normal  0.0177296 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  51.11 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0462  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 91 aa  90.5  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.082883  hitchhiker  0.00197429 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3846  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 91 aa  90.5  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.219693  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0354  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 91 aa  90.5  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.224811  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  52.94 
 
 		 98 aa  90.5  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  90.5  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  52.22 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  90.1  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  51.11 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  90.1  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  48.89 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  50 
 
 		 90 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0213  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00855152  normal  0.0112419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0226  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0975648  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0222  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390191  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  88.6  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0290  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0031706  hitchhiker  0.00995537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  88.6  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 91 aa  89  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4414  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.18011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4501  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.358882  normal  0.0495174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  88.6  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4381  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.842423 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4577  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511964 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4503  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0164141 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1098  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 101 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00970005  hitchhiker  0.00000236625 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  50 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3158  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  88.2  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2650  DNA-binding protein HU  51.69 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3218  DNA-binding protein HU alpha subunit  48.89 
 
 		 91 aa  87.8  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.585838 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  50.56 
 
 		 90 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0532  histone-like protein  49.44 
 
 		 94 aa  87.4  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  50 
 
 		 90 aa  87.8  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  49.45 
 
 		 91 aa  87.8  5e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>