More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3566 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3566  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 131 aa  244  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.276347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0712  histone family protein DNA-binding protein  65.56 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  55.79 
 
 		 103 aa  98.6  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  95.5  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3512  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 		 99 aa  95.5  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.848806  normal  0.0177296 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  56.67 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4958  histone-like DNA-binding protein  53.68 
 
 		 103 aa  94  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  55.56 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  52.22 
 
 		 90 aa  89.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  54.44 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 90 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 96 aa  87.4  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 94 aa  87.8  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 105 aa  86.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  52.94 
 
 		 98 aa  86.3  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  52.81 
 
 		 94 aa  86.3  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  86.3  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  52.81 
 
 		 94 aa  85.9  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  47.19 
 
 		 90 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  52.17 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  84.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  52.22 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2248  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 112 aa  84.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.117837  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  48.89 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  52.22 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  47.19 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  47.19 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 92 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  51.09 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0440  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  51.09 
 
 		 92 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13741  histone-like DNA-binding protein  43.82 
 
 		 92 aa  82.4  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  49.44 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  48.89 
 
 		 93 aa  82  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00213  DNA-binding protein  47.78 
 
 		 101 aa  82  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  46.07 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0015  Histone-like DNA-binding protein  47.19 
 
 		 97 aa  81.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  50 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  44.94 
 
 		 91 aa  81.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03877  HU, DNA-binding transcriptional regulator, alpha subunit  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.380115  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4448  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.302586  hitchhiker  0.00101008 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3994  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4234  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4543  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.440082  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03830  hypothetical protein  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5469  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.129609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4025  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0158227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  48.89 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4491  transcriptional regulator HU subunit alpha  48.31 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0852675  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  49.44 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  47.83 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0839  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0237084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>