189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2317 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2317  rubrerythrin/nigerythrin-like protein  100 
 
 		 157 aa  321  3e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.761634 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0679  Rubrerythrin  70.7 
 
 		 164 aa  216  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1376  rubrerythrin  71.13 
 
 		 161 aa  210  5.999999999999999e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.642256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4854  rubrerythrin  67.79 
 
 		 165 aa  207  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.836415  normal  0.0724585 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0090  rubrerythrin  65.33 
 
 		 160 aa  196  9e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1649  rubrerythrin  47.2 
 
 		 238 aa  127  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.429351 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28841  rubredoxin:rubrerythrin:rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.4 
 
 		 235 aa  117  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2184  rubrerythrin  44.72 
 
 		 243 aa  115  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2533  rubrerythrin  46.58 
 
 		 237 aa  115  3e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1538  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.34 
 
 		 237 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.029752 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1511  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.34 
 
 		 237 aa  114  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1537  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.72 
 
 		 237 aa  114  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0402296  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4424  rubrerythrin  45.34 
 
 		 237 aa  110  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0059  rubrerythrin  44.14 
 
 		 156 aa  90.5  8e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0465733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3282  rubrerythrin  46.28 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000199245  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0453  Rubrerythrin  38.81 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3111  rubrerythrin  34.78 
 
 		 146 aa  80.9  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.561789  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0899  Rubrerythrin  40.15 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0296  rubrerythrin  39.85 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.585668 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1807  rubrerythrin  34.78 
 
 		 146 aa  80.1  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320869  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2201  Rubrerythrin  43.51 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0203329 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2295  Rubrerythrin  41.32 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460498  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0916  rubrerythrin  44.8 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1847  rubrerythrin  41.91 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000655626  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0102  Rubrerythrin  42.62 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000956858  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0122  Rubrerythrin  39.2 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000148271  normal  0.250808 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2098  putative oxidative stress related rubrerythrin protein  35.58 
 
 		 168 aa  74.7  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5541  rubrerythrin  36.42 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.334628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0418  Rubrerythrin  40.29 
 
 		 139 aa  73.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0897  Rubrerythrin  42.62 
 
 		 167 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000170126  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0385  rubrerythrin  42.02 
 
 		 165 aa  73.9  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2281  rubrerythrin  35.8 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.146711 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3718  rubrerythrin  36.42 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.338821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1646  Rubrerythrin  43.2 
 
 		 165 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0816  Rubrerythrin  42.03 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.850506  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0765  rubrerythrin  42.03 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_349  rubrerythrin/rubredoxin  41.18 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0811  rubrerythrin  42.75 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0402647 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3154  rubrerythrin  42.98 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3638  rubrerythrin  41.22 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000037438 
 
 
-
 
NC_002936  DET0406  rubrerythrin/rubredoxin  42.86 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1106  putative oxidative stress related rubrerythrin protein  40.44 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00173749  normal  0.749312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4548  rubrerythrin  35.19 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0812  Rubrerythrin  42.22 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311039  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3815  rubrerythrin  35.19 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3709  rubrerythrin  35.19 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3532  Rubrerythrin  38.26 
 
 		 158 aa  71.6  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1320  rubrerythrin, putative  46 
 
 		 165 aa  72.4  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000000383486  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4924  rubrerythrin  41.22 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0358727 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0955  Rubrerythrin  43.88 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2674  rubrerythrin  33.74 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4116  rubrerythrin  40 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1571  rubrerythrin  43.88 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2460  Rubrerythrin  44.9 
 
 		 166 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3175  Rubrerythrin  38.97 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.738943 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2375  rubrerythrin  40.3 
 
 		 140 aa  70.5  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.580283  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3716  rubrerythrin  40 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344603  normal  0.13516 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0940  rubrerythrin  37.5 
 
 		 164 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.828203  normal  0.659027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0835  Rubrerythrin  39.86 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.0000345358  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0268  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0924  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0538  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.817391  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2197  Rubrerythrin  47 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1684  Rubrerythrin  40.83 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.928026  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1448  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732112  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1645  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.500908  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2629  putative rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2491  putative rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0300  rubrerythrin  34.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.895239  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1646  Rubrerythrin  47.42 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.636053 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1755  Rubrerythrin  40.83 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368043  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2946  rubrerythrin  42.31 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1668  Rubrerythrin  38.58 
 
 		 233 aa  67.4  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.428689 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1978  rubrerythrin  46.46 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.603623  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3325  Rubrerythrin  44.44 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.939225  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3337  nigerythrin  37.69 
 
 		 202 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0583  rubrerythrin  42.27 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0179451  normal  0.228925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2193  rubrerythrin  39.17 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.336695  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4631  Rubrerythrin  34.27 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000498251 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0631  rubrerythrin  38.46 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0444  rubrerythrin  37.6 
 
 		 167 aa  65.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000156568  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2624  rubrerythrin  43.14 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0524  rubrerythrin  40.62 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1036  rubrerythrin  34.38 
 
 		 179 aa  64.7  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.264339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0921  Rubrerythrin  43.88 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.4255200000000004e-33 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0739  rubrerythrin  40 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.491784  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0543  rubrerythrin  40.68 
 
 		 178 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.37944  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0818  Rubrerythrin  41.84 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0782088  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0163  Rubrerythrin  41.73 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000002418  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1986  Rubrerythrin  36.99 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.079110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1044  rubrerythrin  46.6 
 
 		 163 aa  62.8  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0847  rubrerythrin  37.9 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0490534  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0840  rubrerythrin  37.9 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1794  Rubrerythrin  37.19 
 
 		 168 aa  62  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000201822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0668  rubrerythrin  37.5 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.807065 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1650  Rubrerythrin  36.07 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.438503  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0467  rubrerythrin  37.5 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000249666  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1632  rubrerythrin  36.44 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.368891  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2474  Rubrerythrin  43 
 
 		 164 aa  60.5  0.000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1869  Rubrerythrin  38.89 
 
 		 179 aa  60.5  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.390232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>