More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0264 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 366 aa  711    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  59.1 
 
 		 364 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  57.62 
 
 		 370 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  61.33 
 
 		 366 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  56.16 
 
 		 368 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  55.22 
 
 		 368 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  53.99 
 
 		 368 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  55.89 
 
 		 372 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  55.62 
 
 		 367 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  55.62 
 
 		 367 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  54.95 
 
 		 367 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  56.55 
 
 		 368 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  56.55 
 
 		 368 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  54.79 
 
 		 368 aa  381  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  56.55 
 
 		 368 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  56.34 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  56.55 
 
 		 368 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  55.81 
 
 		 368 aa  381  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  52.51 
 
 		 382 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  56.02 
 
 		 368 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  52.65 
 
 		 382 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  53.72 
 
 		 374 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  55.68 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  51.98 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  51.72 
 
 		 382 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  52.88 
 
 		 368 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  53.44 
 
 		 380 aa  371  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  51.98 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  51.98 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  56.13 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  52.12 
 
 		 380 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0048  rod shape-determining protein RodA  51.85 
 
 		 382 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  51.72 
 
 		 382 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  51.19 
 
 		 382 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2290  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765831  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0166  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2370  rod shape-determining protein RodA  51.96 
 
 		 382 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  54.75 
 
 		 372 aa  362  4e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0362  rod shape-determining protein RodA  51.7 
 
 		 382 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0142  rod shape-determining protein RodA  51.7 
 
 		 382 aa  361  9e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0099283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  55.56 
 
 		 370 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  56.98 
 
 		 370 aa  360  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  52.54 
 
 		 373 aa  359  3e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  51.68 
 
 		 364 aa  358  7e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  50.53 
 
 		 384 aa  358  8e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  51.53 
 
 		 403 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  54.5 
 
 		 389 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3111  rod shape-determining protein RodA  51.98 
 
 		 382 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  54.57 
 
 		 373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2025  rod shape-determining protein RodA  54.07 
 
 		 383 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0161321  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  52.12 
 
 		 380 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  53.92 
 
 		 376 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  52.76 
 
 		 384 aa  354  1e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  53.37 
 
 		 383 aa  354  2e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1742  rod shape-determining protein RodA  51.9 
 
 		 383 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  54.93 
 
 		 361 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  52.85 
 
 		 386 aa  352  8e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  54.82 
 
 		 390 aa  350  2e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  54.82 
 
 		 390 aa  350  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  57.55 
 
 		 370 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  50.82 
 
 		 371 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  52.35 
 
 		 384 aa  350  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  54.29 
 
 		 373 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  348  7e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  54.13 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  54.13 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  55.27 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  54.13 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  49.45 
 
 		 371 aa  346  4e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3363  rod shape-determining protein RodA  51.59 
 
 		 383 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3686  rod shape-determining protein RodA  53.63 
 
 		 383 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  53.31 
 
 		 384 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  52.03 
 
 		 385 aa  342  7e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  54.13 
 
 		 370 aa  342  8e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  49.71 
 
 		 372 aa  341  1e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  54.13 
 
 		 376 aa  341  1e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  49.32 
 
 		 366 aa  339  4e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1200  cell wall shape-determining protein  54.7 
 
 		 370 aa  336  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0104  rod shape-determining protein RodA  52.09 
 
 		 377 aa  334  1e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  48.48 
 
 		 373 aa  335  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  52.66 
 
 		 381 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  49.71 
 
 		 372 aa  330  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1091  rod shape-determining protein RodA  53.59 
 
 		 384 aa  328  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  50.14 
 
 		 402 aa  328  9e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  52.88 
 
 		 380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0240  rod shape-determining protein RodA  55.46 
 
 		 380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>