More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2025 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2025  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 383 aa  756    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0161321  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1742  rod shape-determining protein RodA  91.12 
 
 		 383 aa  679    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  65.78 
 
 		 380 aa  491  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  63.93 
 
 		 380 aa  487  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  63.86 
 
 		 382 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  63.59 
 
 		 382 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  63.93 
 
 		 380 aa  478  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  63.96 
 
 		 382 aa  475  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  63.69 
 
 		 382 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  63.96 
 
 		 382 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2789  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3363  rod shape-determining protein RodA  63.71 
 
 		 383 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0048  rod shape-determining protein RodA  64.15 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0362  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  63.14 
 
 		 382 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0166  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215691  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3686  rod shape-determining protein RodA  63.71 
 
 		 383 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2290  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765831  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0142  rod shape-determining protein RodA  63.09 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0099283  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  63.14 
 
 		 382 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  63.14 
 
 		 382 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2370  rod shape-determining protein RodA  62.83 
 
 		 382 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3111  rod shape-determining protein RodA  63.96 
 
 		 382 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  60.76 
 
 		 384 aa  443  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3400  rod shape-determining protein RodA  60.11 
 
 		 384 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.293133  normal  0.487857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0941  rod shape-determining protein RodA  62.23 
 
 		 384 aa  438  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0846  rod shape-determining protein RodA  60.71 
 
 		 386 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0813507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  58.31 
 
 		 384 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1486  rod shape-determining protein RodA  58.79 
 
 		 389 aa  427  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3647  rod shape-determining protein RodA  60.58 
 
 		 390 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2957  rod shape-determining protein RodA  60.58 
 
 		 390 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.539996  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1091  rod shape-determining protein RodA  60.87 
 
 		 384 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0079  putative rod shape-determining transmembrane protein  58.79 
 
 		 385 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2191  rod shape-determining protein RodA  58.24 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.405813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  57.57 
 
 		 370 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0240  rod shape-determining protein RodA  59.28 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  54.47 
 
 		 366 aa  353  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  55.52 
 
 		 364 aa  350  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  55.68 
 
 		 366 aa  346  5e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  51.25 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  51.26 
 
 		 368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  52 
 
 		 372 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  52 
 
 		 368 aa  335  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  50.42 
 
 		 367 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  50.42 
 
 		 367 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  50.42 
 
 		 367 aa  334  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  50.28 
 
 		 368 aa  332  5e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  50 
 
 		 368 aa  332  9e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  50.28 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  50.28 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  50.28 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  50.28 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  51.02 
 
 		 372 aa  329  4e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  52.82 
 
 		 373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  51.14 
 
 		 368 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  50 
 
 		 374 aa  323  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  49.29 
 
 		 382 aa  322  8e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  49.57 
 
 		 373 aa  320  3e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  48.58 
 
 		 383 aa  319  5e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  52.34 
 
 		 361 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  49.12 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0663  rod shape-determining protein RodA  49.29 
 
 		 362 aa  317  2e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00441325  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  48.48 
 
 		 372 aa  317  3e-85  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  46.13 
 
 		 371 aa  314  9.999999999999999e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  50.57 
 
 		 368 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  48.68 
 
 		 371 aa  313  3.9999999999999997e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  48 
 
 		 372 aa  312  4.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  46.82 
 
 		 373 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  46.04 
 
 		 364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  47.38 
 
 		 403 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  48.33 
 
 		 370 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  48.36 
 
 		 370 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  47.54 
 
 		 376 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  48.12 
 
 		 380 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  49.31 
 
 		 381 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  47.54 
 
 		 370 aa  300  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  48.59 
 
 		 380 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  47.85 
 
 		 381 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  46.72 
 
 		 370 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  46.99 
 
 		 370 aa  297  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  46.72 
 
 		 370 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  46.94 
 
 		 402 aa  297  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4859  rod shape-determining protein RodA  50 
 
 		 380 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  49.24 
 
 		 366 aa  296  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  46.09 
 
 		 376 aa  296  4e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  48.7 
 
 		 370 aa  294  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08400  rod shape-determining protein RodA  49.44 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41497  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  48.99 
 
 		 370 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  48.99 
 
 		 370 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  48.99 
 
 		 370 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  48.99 
 
 		 370 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  48.99 
 
 		 370 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  48.71 
 
 		 370 aa  294  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4364  cell cycle protein  48.86 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  48.41 
 
 		 370 aa  293  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  48.55 
 
 		 381 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  48.41 
 
 		 370 aa  293  5e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  48.41 
 
 		 370 aa  293  5e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>