126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3678 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3678  ThiJ/PfpI  100 
 
 		 196 aa  390  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3165  ThiJ/PfpI domain-containing protein  44.38 
 
 		 191 aa  108  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04597  DJ-1/PfpI family  36.92 
 
 		 192 aa  95.9  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0353  ThiJ/PfpI family intracellular protease  35.63 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2402  ThiJ/PfpI family protein  33.92 
 
 		 210 aa  89  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247507  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1842  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.08 
 
 		 210 aa  86.3  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000198171  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2291  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.08 
 
 		 210 aa  85.5  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000168089  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2690  thiJ/pfpI family protein  32.14 
 
 		 210 aa  84.7  7e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0560939  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2674  thiJ/pfpI family protein  34.32 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000490961 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2475  thiJ/pfpI family protein  34.32 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0918447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4072  ThiJ/PfpI domain protein  38.2 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2657  thiJ/pfpI family protein  34.32 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2512  ThiJ/PfpI domain-containing protein  39.01 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2761  intracellular protease, ThiJ/PfpI family  34.32 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000853116 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2564  ThiJ/PfpI domain protein  31 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1843  ThiJ/PfpI domain protein  26.01 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0569  ThiJ/PfpI domain protein  36.84 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1340  ThiJ/PfpI  31.02 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0470836 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1492  intracellular protease/amidase  27.92 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.882955  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1529  thiJ/pfpI family protein  27.92 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.695646  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1648  thiJ/pfpI family protein  27.92 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1501  thiJ/PfpI family protein  27.41 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000524776  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0808  hypothetical protein  29.67 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0613727 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1791  thiJ/pfpI family protein  28.73 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2631  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0133443  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2364  transcriptional regulator, AraC family  35.15 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000189765 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4040  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.34 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0833  4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis protein  23.91 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.0000524755  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3645  ThiJ/PfpI domain protein  43.16 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.415005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0527  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2155  ThiJ/PfpI domain protein  45.57 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.663488 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0742  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.38 
 
 		 245 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0649323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0748  ThiJ/PfpI  33.75 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.958247  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0762  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33.75 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.100444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1220  ThiJ/PfpI  31.79 
 
 		 172 aa  52.8  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3284  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 333 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.059892 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  33.14 
 
 		 329 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3031  transcriptional activator FtrA  32.16 
 
 		 333 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00937108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  31.16 
 
 		 343 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 343 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1760  transcriptional activator FtrA  33.76 
 
 		 318 aa  49.3  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4043  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 321 aa  49.7  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 355 aa  49.3  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6340  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 326 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351976 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 320 aa  48.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1684  ThiJ/PfpI family protein  37.78 
 
 		 109 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0514  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 334 aa  48.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5233  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 349 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.896357  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  35.03 
 
 		 324 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  29.52 
 
 		 330 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 332 aa  47.4  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2214  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 318 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00591748  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0056  transcriptional activator FtrA  31.93 
 
 		 326 aa  46.6  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  35.03 
 
 		 320 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  35.03 
 
 		 320 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0051  transcriptional regulator  27.89 
 
 		 323 aa  47  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.929929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  35.03 
 
 		 320 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  34.39 
 
 		 324 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 362 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0835  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 318 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  29.03 
 
 		 328 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0055  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 318 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00213604  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0964  transcriptional activator FtrA  33.76 
 
 		 318 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0872  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 318 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.637455  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1565  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 318 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0715182  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4139  ThiJ/PfpI domain protein  33.94 
 
 		 321 aa  45.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  34.81 
 
 		 324 aa  45.8  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1245  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  29.63 
 
 		 284 aa  45.8  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0468502  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1048  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.58 
 
 		 171 aa  45.4  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0509  DJ-1 family protein  26.56 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 360 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 360 aa  45.1  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  26.24 
 
 		 333 aa  45.1  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1436  PfpI family intracellular peptidase  34.62 
 
 		 171 aa  45.1  0.0006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.567729  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6432  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 332 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0092  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 312 aa  45.1  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1215  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 356 aa  44.7  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.836684  normal  0.0161998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  32.53 
 
 		 317 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2051  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 344 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0974748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  45.31 
 
 		 393 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2075  ThiJ/PfpI  30.53 
 
 		 446 aa  43.9  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0488  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 335 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3836  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 335 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  34.18 
 
 		 324 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 345 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  31.68 
 
 		 321 aa  43.9  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 344 aa  44.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3780  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 335 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  33.87 
 
 		 317 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0489  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 325 aa  43.5  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 321 aa  43.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3131  transcription regulator  31.1 
 
 		 303 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.379671 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0334  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.14 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 357 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 325 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 360 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6996  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 		 338 aa  42.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 360 aa  43.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 361 aa  43.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>