More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2309 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0657  pyruvate phosphate dikinase  41.66 
 
 		 914 aa  642    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.13952e-22 
 
 
-
 
NC_004310  BR0500  pyruvate phosphate dikinase  45.97 
 
 		 887 aa  695    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0508  pyruvate phosphate dikinase  67.03 
 
 		 848 aa  1076    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.83558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3898  pyruvate phosphate dikinase  42.53 
 
 		 888 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0662  pyruvate phosphate dikinase  45.21 
 
 		 894 aa  665    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2709  pyruvate phosphate dikinase  43.63 
 
 		 1028 aa  645    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2184  pyruvate phosphate dikinase  44.78 
 
 		 888 aa  662    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1859  pyruvate phosphate dikinase  67.03 
 
 		 848 aa  1076    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650023  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0600  pyruvate phosphate dikinase  42.44 
 
 		 888 aa  654    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000436246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3014  pyruvate phosphate dikinase  43.78 
 
 		 888 aa  668    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2401  pyruvate phosphate dikinase  66.63 
 
 		 862 aa  1118    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322611  normal  0.628675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2891  pyruvate phosphate dikinase  43.78 
 
 		 888 aa  664    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.929717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1099  pyruvate phosphate dikinase  45.16 
 
 		 1004 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.895703 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2110  pyruvate phosphate dikinase  46.53 
 
 		 887 aa  681    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.865175  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3117  pyruvate phosphate dikinase  43.78 
 
 		 888 aa  664    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.38254  normal  0.157801 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2730  pyruvate phosphate dikinase  64.29 
 
 		 845 aa  1079    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4343  pyruvate phosphate dikinase  42.96 
 
 		 991 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.19603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2360  pyruvate phosphate dikinase  44.9 
 
 		 987 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.797311  normal  0.119271 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2710  pyruvate phosphate dikinase  44.95 
 
 		 891 aa  667    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.772549  normal  0.108716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1224  pyruvate phosphate dikinase  46.08 
 
 		 1027 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.516679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0686  pyruvate phosphate dikinase  45.48 
 
 		 887 aa  699    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.463227  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3505  pyruvate phosphate dikinase  44.13 
 
 		 937 aa  669    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0503  pyruvate phosphate dikinase  45.79 
 
 		 887 aa  689    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540982  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2309  pyruvate phosphate dikinase  100 
 
 		 854 aa  1718    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0606667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1610  pyruvate phosphate dikinase  43.91 
 
 		 885 aa  650    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.617051  normal  0.1621 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0772  pyruvate phosphate dikinase  44.59 
 
 		 887 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134645  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4859  pyruvate phosphate dikinase  44.15 
 
 		 889 aa  659    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0717  pyruvate phosphate dikinase  45.08 
 
 		 901 aa  672    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.681359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0494  pyruvate phosphate dikinase  45.42 
 
 		 886 aa  663    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0729  pyruvate phosphate dikinase  43.43 
 
 		 922 aa  662    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0548  pyruvate phosphate dikinase  46.12 
 
 		 898 aa  705    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462539  normal  0.844122 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2177  pyruvate phosphate dikinase  43.66 
 
 		 890 aa  652    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.799744 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1809  pyruvate phosphate dikinase  43.19 
 
 		 892 aa  671    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.475254  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0645  pyruvate phosphate dikinase  67.07 
 
 		 852 aa  1074    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211881 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1409  pyruvate phosphate dikinase  42.03 
 
 		 883 aa  649    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000166258  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0541  pyruvate phosphate dikinase  66.35 
 
 		 853 aa  1069    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.520973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1102  pyruvate phosphate dikinase  45.32 
 
 		 894 aa  689    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883185  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2808  pyruvate phosphate dikinase  44.08 
 
 		 896 aa  675    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.307488 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2762  pyruvate phosphate dikinase  42.68 
 
 		 886 aa  635    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2849  pyruvate phosphate dikinase  44.37 
 
 		 891 aa  659    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.543081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0716  pyruvate phosphate dikinase  46.06 
 
 		 899 aa  684    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0418  pyruvate phosphate dikinase  44.42 
 
 		 895 aa  681    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219679  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1243  pyruvate phosphate dikinase  43.54 
 
 		 1008 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.147506  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2179  pyruvate phosphate dikinase  43.19 
 
 		 895 aa  663    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.514386 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0644  pyruvate phosphate dikinase  41.89 
 
 		 914 aa  633  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00825191  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1308  pyruvate phosphate dikinase  40.56 
 
 		 883 aa  634  1e-180  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1318  pyruvate phosphate dikinase  41.45 
 
 		 889 aa  634  1e-180  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3566  pyruvate phosphate dikinase  40.47 
 
 		 892 aa  630  1e-179  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3511  pyruvate phosphate dikinase  40.82 
 
 		 885 aa  630  1e-179  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00038474  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2194  pyruvate phosphate dikinase  40.84 
 
 		 886 aa  625  1e-178  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.193321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1926  pyruvate phosphate dikinase  40.72 
 
 		 890 aa  627  1e-178  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2956  pyruvate phosphate dikinase  43.08 
 
 		 894 aa  622  1e-177  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0607  pyruvate phosphate dikinase  41.54 
 
 		 884 aa  623  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0966  pyruvate phosphate dikinase  40.39 
 
 		 884 aa  625  1e-177  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.384178  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0651  pyruvate phosphate dikinase  39.39 
 
 		 873 aa  619  1e-176  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000914255  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0356  pyruvate, phosphate dikinase  39.87 
 
 		 912 aa  622  1e-176  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3671  pyruvate phosphate dikinase  40.28 
 
 		 886 aa  621  1e-176  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000280199  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0580  pyruvate phosphate dikinase  42.84 
 
 		 888 aa  616  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2469  pyruvate phosphate dikinase  40.71 
 
 		 885 aa  615  1e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2940  pyruvate phosphate dikinase  40.54 
 
 		 888 aa  615  9.999999999999999e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.915512  hitchhiker  0.000023243 
 
 
-
 
NC_002978  WD0690  pyruvate phosphate dikinase  39.07 
 
 		 912 aa  611  1e-173  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1351  pyruvate phosphate dikinase  40.23 
 
 		 877 aa  610  1e-173  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.154627  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0942  pyruvate, phosphate dikinase  43.43 
 
 		 893 aa  611  1e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.214985  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3044  pyruvate phosphate dikinase  39.51 
 
 		 887 aa  610  1e-173  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.220677 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1396  pyruvate phosphate dikinase  39.98 
 
 		 882 aa  607  9.999999999999999e-173  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0856  pyruvate, phosphate dikinase  41.67 
 
 		 991 aa  606  9.999999999999999e-173  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257444  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1670  pyruvate phosphate dikinase  37.88 
 
 		 881 aa  602  1.0000000000000001e-171  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.4931  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3777  pyruvate phosphate dikinase  41.73 
 
 		 876 aa  600  1e-170  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0430097  normal  0.108165 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1196  pyruvate phosphate dikinase  39.22 
 
 		 912 aa  597  1e-169  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.330021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2268  pyruvate phosphate dikinase  38.63 
 
 		 876 aa  592  1e-168  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1983  pyruvate phosphate dikinase  38.75 
 
 		 876 aa  594  1e-168  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4251  pyruvate phosphate dikinase  39.45 
 
 		 882 aa  592  1e-167  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1017  pyruvate phosphate dikinase  38.84 
 
 		 908 aa  586  1e-166  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0702546 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0330  pyruvate phosphate dikinase  38.51 
 
 		 873 aa  588  1e-166  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.24089  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0158  pyruvate phosphate dikinase  39.65 
 
 		 881 aa  587  1e-166  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.103685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1512  pyruvate phosphate dikinase  39.34 
 
 		 880 aa  588  1e-166  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1608  pyruvate phosphate dikinase  39.28 
 
 		 892 aa  588  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.470093  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1211  pyruvate phosphate dikinase  38.29 
 
 		 882 aa  584  1.0000000000000001e-165  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.48137  normal  0.179954 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2386  pyruvate, phosphate dikinase  37.72 
 
 		 880 aa  579  1e-164  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.728002  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0676  pyruvate phosphate dikinase  41.44 
 
 		 881 aa  580  1e-164  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0523  pyruvate phosphate dikinase  38.93 
 
 		 916 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0518  pyruvate phosphate dikinase  39.9 
 
 		 940 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0652  pyruvate phosphate dikinase  41.31 
 
 		 881 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0675  pyruvate phosphate dikinase  36.86 
 
 		 874 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2482  pyruvate phosphate dikinase  40.27 
 
 		 889 aa  575  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.634119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1064  pyruvate phosphate dikinase  39.75 
 
 		 890 aa  574  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.844864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1243  pyruvate phosphate dikinase  41.33 
 
 		 876 aa  572  1.0000000000000001e-162  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1059  pyruvate, phosphate dikinase  39.77 
 
 		 882 aa  572  1e-161  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0457  pyruvate phosphate dikinase  38.17 
 
 		 916 aa  569  1e-161  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0607  pyruvate phosphate dikinase  40.75 
 
 		 881 aa  567  1e-160  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0607197  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7028  pyruvate phosphate dikinase  40.23 
 
 		 905 aa  566  1e-160  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.224146 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29856  predicted protein  41.38 
 
 		 847 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0486692  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4160  pyruvate phosphate dikinase  41.83 
 
 		 961 aa  563  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4187  pyruvate phosphate dikinase  41.96 
 
 		 961 aa  565  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0757879  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1661  pyruvate phosphate dikinase  38.31 
 
 		 916 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0155  pyruvate phosphate dikinase  39.61 
 
 		 916 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0629  pyruvate phosphate dikinase  38.11 
 
 		 916 aa  562  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0863  pyruvate phosphate dikinase  40.93 
 
 		 891 aa  562  1e-158  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2562  pyruvate phosphate dikinase  40.83 
 
 		 939 aa  562  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2170  pyruvate phosphate dikinase  35.76 
 
 		 875 aa  556  1e-157  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>