38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2126 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2126  hypothetical protein  100 
 
 		 138 aa  274  4e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3128  UspA domain protein  49.64 
 
 		 140 aa  138  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.621978  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0834  UspA domain-containing protein  48.18 
 
 		 141 aa  134  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2171  UspA domain-containing protein  46.04 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.981815  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0247  hypothetical protein  37.96 
 
 		 137 aa  110  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2686  universal stress protein  36.23 
 
 		 138 aa  96.7  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0810478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3824  hypothetical protein  30.67 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  30.77 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1477  hypothetical protein  30.99 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41182  normal  0.606344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4462  UspA domain protein  28.38 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.60022  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5541  putative universal stress protein (Usp)  29.58 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1327  hypothetical protein  26.76 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1685  universal stress protein F  31.08 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0435547 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1771  universal stress protein F  31.08 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0837729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1834  universal stress protein F  31.08 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1773  universal stress protein F  31.08 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.633651  normal  0.0944552 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1502  universal stress protein F  31.08 
 
 		 144 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432099  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1232  UspA domain protein  28.38 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1445  UspA domain protein  23.81 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.228504  normal  0.253406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2329  hypothetical protein  28.48 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0727438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2676  UspA domain protein  26.35 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  35 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1559  universal stress protein F  27.33 
 
 		 144 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2040  putative universal stress protein  27.27 
 
 		 135 aa  42  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.190459  normal  0.175544 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4244  UspA domain-containing protein  21.53 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1994  universal stress protein F  27.33 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.845186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1777  universal stress protein F  27.33 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1613  universal stress protein F  27.33 
 
 		 144 aa  41.6  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0609  hypothetical protein  24.14 
 
 		 142 aa  41.6  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0479495  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  25.64 
 
 		 164 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0762  UspA domain protein  28.67 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2280  UspA domain-containing protein  26.67 
 
 		 144 aa  40  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1462  universal stress protein F  26.67 
 
 		 144 aa  40  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.694319  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1250  hypothetical protein  25.17 
 
 		 143 aa  40.4  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01359  hypothetical protein  26.67 
 
 		 144 aa  40  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2270  UspA domain protein  26.67 
 
 		 144 aa  40  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01347  stress-induced protein, ATP-binding protein  26.67 
 
 		 144 aa  40  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1265  hypothetical protein  24.67 
 
 		 136 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>