154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0018 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0011  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0043  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  87.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0022  tRNA-OTHER  96.88 
 
 		 130 bp  56  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0025  tRNA-OTHER  96.88 
 
 		 122 bp  56  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0021  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0004  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0010  tRNA-Lys  100 
 
 		 97 bp  50.1  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 96 bp  50.1  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.935376  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0023  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0024  tRNA-OTHER  100 
 
 		 97 bp  50.1  0.00007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0008  tRNA-OTHER  93.75 
 
 		 130 bp  48.1  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.164432  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.10375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0027  tRNA-OTHER  100 
 
 		 109 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0044  tRNA-OTHER  100 
 
 		 109 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.335529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0075  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0002  tRNA-OTHER  100 
 
 		 113 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0004  tRNA-OTHER  100 
 
 		 115 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0039  tRNA-OTHER  100 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.597618  normal  0.106894 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0052  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0125474  normal  0.521924 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0024  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0012  tRNA-Asp  100 
 
 		 112 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.266869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0039  tRNA-Thr  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0474661 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0044  tRNA-Thr  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0027  tRNA-OTHER  93.75 
 
 		 112 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  TNEU_1  tRNA-OTHER  100 
 
 		 108 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.329666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0004  tRNA-OTHER  100 
 
 		 117 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00000377684  decreased coverage  0.000000420741 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0009  tRNA-Val  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0023  tRNA-OTHER  100 
 
 		 109 bp  48.1  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0777816  normal  0.377314 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0020  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0024  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 101 bp  46.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.35465  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 98 bp  46.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.06804  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0023  tRNA-OTHER  100 
 
 		 116 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0046836 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0014  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.647386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0002  tRNA-OTHER  93.55 
 
 		 101 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.32778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>