298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0056 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.117486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0018  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0021  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0047  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0051  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138562  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0048  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>