80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0066 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  95.71 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  96.67 
 
 
76 bp  103  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys02  tRNA-Lys  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys01  tRNA-Lys  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  91.67 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0021  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  88.71 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0031  tRNA-Lys  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0843462 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0061  tRNA-Ser  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.117486  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0415  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0379576  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0015  tRNA-Lys  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635458  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.027196  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.905096  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07679  tRNA-Lys  85 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.342571  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1570  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.736418  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07677  tRNA-Lys  85 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.204816  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  91.43 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  85.45 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  84.75 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0009  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.940514  normal  0.189803 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0043  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000129549  unclonable  0.000000000302545 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0022  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.052558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.856426  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0023  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0024  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0024  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0025  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2208  tRNA-Val  100 
 
 
78 bp  44.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0566  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0035  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0179  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0036  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0089  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0042  tRNA-Lys  85.19 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000326877  unclonable  0.000000000331306 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0034  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000084098  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2130  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>