143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA22 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0048  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000103979  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0011  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0043  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsn01  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000468936 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0015  tRNA-Lys  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0061  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.117486  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt42  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0031  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0043  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0034  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0043  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102089  hitchhiker  0.00032415 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna33  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166736  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R35  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0038  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0071  tRNA-Asn  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0028  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501499  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>