More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0043 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000745541  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0043  tRNA-Lys  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0031  tRNA-Lys  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0064  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0329997  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0034  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000195804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0008  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00012117  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0061  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000182131  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0021  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0076  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0004  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0025  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0132598  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0174  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>