83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0043 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0042  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0067  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0066  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0068  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.437414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0078  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000025771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0081  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.158777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys01  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLys02  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.367993 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07677  tRNA-Lys  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.204816  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07679  tRNA-Lys  87.69 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.342571  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0025  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.022777  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0024  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0300138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_002950  PGt42  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0604  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.398612  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet03  tRNA-Met  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00892587  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0045  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00000955688  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000132411  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00502278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0051  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0500664 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0021  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00000256576  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0021  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0014  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>