156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0043 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0071  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna33  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.166736  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0038  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0746306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0043  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0043  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.154925  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0014  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.032449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0056  tRNA-Asn  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0032  tRNA-Asn  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25038  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsn01  tRNA-Asn  91.38 
 
 		 80 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000468936 
 
 
-
 
NC_002950  PGt02  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet01  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.372552  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0021  tRNA-Met  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00425805  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125114  hitchhiker  0.00000268461 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0027  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0579561  normal  0.867818 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt20  tRNA-Met  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.771657 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05795  tRNA-OTHER  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116783  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0021  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0049  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00100813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.543066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.100652  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0050  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0857362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0080  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0217837  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.352531  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0016  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0358134  normal  0.456153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.921175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.649475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00877282  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0034  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000251829  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>