195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0067 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0010  tRNA-Met  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  94.44 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0047  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.921613  normal  0.522755 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0016  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0068  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0010  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159974  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0051  tRNA-Met  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0053  tRNA-Met  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.796609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0052  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.959791  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0013  tRNA-Met  93.88 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0053  tRNA-Met  87.3 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0082  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0088  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  94.87 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0049  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0512381 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0011  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00974618  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0056  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0023  tRNA-Met  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.216301  normal  0.182837 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0016  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000166672  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0061  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000000629248  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00057  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0091  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000136537  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0081  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0120643  normal  0.12492 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0097  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000407558  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000290991  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085866 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0117  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.214909  hitchhiker  0.0000036975 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>