63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3916 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000805  tryptophanase  83.44 
 
 		 466 aa  834    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0147193  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0587  tryptophanase  75.27 
 
 		 466 aa  762    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0626  tryptophanase  74.41 
 
 		 466 aa  746    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.287834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3916  tryptophanase  100 
 
 		 465 aa  974    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06709  tryptophanase  84.09 
 
 		 477 aa  837    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1032  tryptophanase  72.26 
 
 		 462 aa  729    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2018  tryptophanase  63.48 
 
 		 462 aa  623  1e-177  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20900  tryptophanase  63.12 
 
 		 462 aa  620  1e-176  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0309  tryptophanase  59.57 
 
 		 461 aa  593  1e-168  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2460  tryptophanase  58.49 
 
 		 473 aa  579  1e-164  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000212523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4259  tryptophanase  55.22 
 
 		 471 aa  532  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03536  hypothetical protein  55.22 
 
 		 471 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4075  tryptophanase  55.44 
 
 		 471 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4286  tryptophanase  55.22 
 
 		 471 aa  532  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4217  tryptophanase  55.22 
 
 		 471 aa  532  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.770521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03592  tryptophanase/L-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent  55.22 
 
 		 471 aa  532  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4214  tryptophanase  55.01 
 
 		 471 aa  530  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5139  tryptophanase  55.01 
 
 		 471 aa  531  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  normal  0.24086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3922  tryptophanase  55.01 
 
 		 471 aa  529  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0801  tryptophanase  53.3 
 
 		 471 aa  523  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000525745  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1117  tryptophanase  54.6 
 
 		 472 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0251  tryptophanase  52.07 
 
 		 459 aa  507  9.999999999999999e-143  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000036462  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2022  tryptophanase  52.74 
 
 		 462 aa  495  1e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1324  tryptophanase  51.29 
 
 		 462 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1802  tyrosine phenol-lyase  51.74 
 
 		 458 aa  478  1e-133  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.106432  hitchhiker  0.00367591 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1118  tyrosine phenol-lyase  51.52 
 
 		 459 aa  473  1e-132  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1401  tryptophanase  49.78 
 
 		 459 aa  468  9.999999999999999e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.331984 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0866  tyrosine phenol-lyase  49.35 
 
 		 471 aa  453  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757235 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1723  tyrosine phenol-lyase  50 
 
 		 457 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0320  tyrosine phenol-lyase  48.7 
 
 		 471 aa  446  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.666084  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3931  tryptophanase  47.19 
 
 		 458 aa  433  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0694288  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4875  tryptophanase  47.7 
 
 		 469 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.914376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3438  tyrosine phenol-lyase  48.48 
 
 		 474 aa  430  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00561885  normal  0.374113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2475  tryptophanase  47.61 
 
 		 456 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0642  Tryptophanase  47.66 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0829  Tryptophanase  47.08 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486815  normal  0.682269 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1948  Tryptophanase  46.67 
 
 		 455 aa  421  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1760  tryptophanase  46.54 
 
 		 456 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637839  normal  0.596777 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49505  predicted protein  46.45 
 
 		 456 aa  417  9.999999999999999e-116  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0369192  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1624  tryptophanase  44.09 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1937  Tryptophanase  42.39 
 
 		 450 aa  375  1e-103  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.771016  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0018  Tryptophanase  41.09 
 
 		 450 aa  363  5.0000000000000005e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37510  tryptophanase  38.63 
 
 		 460 aa  332  1e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0376  tryptophanase  36.36 
 
 		 489 aa  320  3.9999999999999996e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1966  tryptophanase  38.63 
 
 		 482 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3640  tryptophanase  37.77 
 
 		 481 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3423  tryptophanase  38.41 
 
 		 482 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0932  tryptophanase  35.23 
 
 		 479 aa  313  4.999999999999999e-84  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000308736  hitchhiker  0.000000000350683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1789  tryptophanase  37.83 
 
 		 482 aa  312  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4083  tryptophanase  38.07 
 
 		 482 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.450224  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1995  tryptophanase  36.99 
 
 		 487 aa  308  1.0000000000000001e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.383478  normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2787  tryptophanase  37.31 
 
 		 482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163221  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2598  KR domain protein  31.09 
 
 		 7149 aa  97.4  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0002  putative polyketide synthase  25.24 
 
 		 1557 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1396  polyketide synthase, type I  25.24 
 
 		 1563 aa  87.8  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1481  polyketide synthase  25.24 
 
 		 1558 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1130  putative polyketide synthase PksL  27.17 
 
 		 2726 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0170  polyketide synthase  27.17 
 
 		 2653 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2618  OnnB  26.49 
 
 		 4539 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1478  polyketide synthase, type I  26.49 
 
 		 4614 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1393  polyketide synthase, type I  26.49 
 
 		 4555 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0206  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  24.31 
 
 		 345 aa  51.2  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0449  Threonine aldolase  25.12 
 
 		 343 aa  45.1  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>