64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3423 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4083  tryptophanase  92.74 
 
 		 482 aa  940    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.450224  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0932  tryptophanase  62.66 
 
 		 479 aa  641    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000308736  hitchhiker  0.000000000350683 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1995  tryptophanase  62.92 
 
 		 487 aa  638    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.383478  normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1789  tryptophanase  81.74 
 
 		 482 aa  840    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3640  tryptophanase  73.96 
 
 		 481 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3423  tryptophanase  100 
 
 		 482 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2787  tryptophanase  90.46 
 
 		 482 aa  928    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163221  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1966  tryptophanase  94.81 
 
 		 482 aa  959    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0376  tryptophanase  59.92 
 
 		 489 aa  621  1e-177  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0866  tyrosine phenol-lyase  40.77 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757235 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1802  tyrosine phenol-lyase  41.31 
 
 		 458 aa  369  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.106432  hitchhiker  0.00367591 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1118  tyrosine phenol-lyase  40.81 
 
 		 459 aa  367  1e-100  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0320  tyrosine phenol-lyase  40.09 
 
 		 471 aa  365  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.666084  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3438  tyrosine phenol-lyase  39.96 
 
 		 474 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00561885  normal  0.374113 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1723  tyrosine phenol-lyase  39.64 
 
 		 457 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2022  tryptophanase  41.05 
 
 		 462 aa  354  2e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0309  tryptophanase  40.97 
 
 		 461 aa  339  5e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20900  tryptophanase  40.4 
 
 		 462 aa  339  5.9999999999999996e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2460  tryptophanase  40.4 
 
 		 473 aa  335  2e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000212523  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1032  tryptophanase  38.29 
 
 		 462 aa  329  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0587  tryptophanase  37.83 
 
 		 466 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0642  Tryptophanase  39.04 
 
 		 464 aa  327  3e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4875  tryptophanase  39.7 
 
 		 469 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.914376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3931  tryptophanase  38.85 
 
 		 458 aa  324  2e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0694288  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0829  Tryptophanase  38.72 
 
 		 464 aa  320  3e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486815  normal  0.682269 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0251  tryptophanase  37.31 
 
 		 459 aa  320  5e-86  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000036462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2018  tryptophanase  37.53 
 
 		 462 aa  317  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1401  tryptophanase  37.3 
 
 		 459 aa  316  5e-85  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.331984 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0626  tryptophanase  37.09 
 
 		 466 aa  315  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.287834  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000805  tryptophanase  38.91 
 
 		 466 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0147193  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1760  tryptophanase  39.55 
 
 		 456 aa  313  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637839  normal  0.596777 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3916  tryptophanase  38.41 
 
 		 465 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1948  Tryptophanase  38.72 
 
 		 455 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06709  tryptophanase  39.07 
 
 		 477 aa  310  4e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49505  predicted protein  37.25 
 
 		 456 aa  302  1e-80  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0369192  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1624  tryptophanase  39.38 
 
 		 462 aa  300  3e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0018  Tryptophanase  37.03 
 
 		 450 aa  299  7e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1324  tryptophanase  36.78 
 
 		 462 aa  298  2e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2475  tryptophanase  37.44 
 
 		 456 aa  295  1e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4075  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  290  4e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5139  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  290  4e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  normal  0.24086 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03536  hypothetical protein  36.85 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4259  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4286  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4217  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.770521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03592  tryptophanase/L-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent  36.85 
 
 		 471 aa  289  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4214  tryptophanase  36.85 
 
 		 471 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3922  tryptophanase  36.64 
 
 		 471 aa  286  4e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1937  Tryptophanase  35.68 
 
 		 450 aa  285  1.0000000000000001e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.771016  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0801  tryptophanase  35.99 
 
 		 471 aa  284  3.0000000000000004e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000525745  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1117  tryptophanase  35.28 
 
 		 472 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37510  tryptophanase  32.21 
 
 		 460 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1130  putative polyketide synthase PksL  30.84 
 
 		 2726 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0170  polyketide synthase  30.84 
 
 		 2653 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2618  OnnB  29.91 
 
 		 4539 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1478  polyketide synthase, type I  29.91 
 
 		 4614 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1481  polyketide synthase  24.92 
 
 		 1558 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457199  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1393  polyketide synthase, type I  29.91 
 
 		 4555 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1396  polyketide synthase, type I  24.32 
 
 		 1563 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0002  putative polyketide synthase  24.32 
 
 		 1557 aa  80.1  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2598  KR domain protein  25.35 
 
 		 7149 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0449  Threonine aldolase  23.89 
 
 		 343 aa  47  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078963  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4745  Threonine aldolase  23.91 
 
 		 339 aa  45.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285459 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0636  cysteine desulphurase-like protein  26.01 
 
 		 398 aa  44.3  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.024881  normal  0.355065 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>