62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2475 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_1760  tryptophanase  70.11 
 
 
456 aa  689    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637839  normal  0.596777 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2475  tryptophanase  100 
 
 
456 aa  946    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3931  tryptophanase  59.07 
 
 
458 aa  555  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0694288  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49505  predicted protein  57.91 
 
 
456 aa  548  1e-155  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0369192  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1948  Tryptophanase  60.8 
 
 
455 aa  546  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0829  Tryptophanase  56.54 
 
 
464 aa  525  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486815  normal  0.682269 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4875  tryptophanase  54.51 
 
 
469 aa  523  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.914376 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1624  tryptophanase  54.34 
 
 
462 aa  496  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2022  tryptophanase  51.69 
 
 
462 aa  484  1e-135  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0309  tryptophanase  52.35 
 
 
461 aa  468  1.0000000000000001e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20900  tryptophanase  49.45 
 
 
462 aa  459  9.999999999999999e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1401  tryptophanase  50.44 
 
 
459 aa  461  9.999999999999999e-129  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.331984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0587  tryptophanase  50.98 
 
 
466 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1032  tryptophanase  50.22 
 
 
462 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0251  tryptophanase  48.9 
 
 
459 aa  447  1.0000000000000001e-124  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000036462  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0866  tyrosine phenol-lyase  49.01 
 
 
471 aa  444  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000757235 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0320  tyrosine phenol-lyase  48.12 
 
 
471 aa  439  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.666084  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0642  Tryptophanase  49.78 
 
 
464 aa  437  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06709  tryptophanase  48.69 
 
 
477 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0626  tryptophanase  48.7 
 
 
466 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.287834  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2018  tryptophanase  49.89 
 
 
462 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000805  tryptophanase  48.03 
 
 
466 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0147193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3916  tryptophanase  47.61 
 
 
465 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1324  tryptophanase  47.45 
 
 
462 aa  428  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2460  tryptophanase  48.11 
 
 
473 aa  430  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000212523  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1723  tyrosine phenol-lyase  45.9 
 
 
457 aa  421  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3438  tyrosine phenol-lyase  47.46 
 
 
474 aa  423  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00561885  normal  0.374113 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1802  tyrosine phenol-lyase  45.23 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.106432  hitchhiker  0.00367591 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1118  tyrosine phenol-lyase  44.12 
 
 
459 aa  403  1e-111  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0018  Tryptophanase  44.32 
 
 
450 aa  392  1e-108  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1937  Tryptophanase  43.68 
 
 
450 aa  393  1e-108  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.771016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3922  tryptophanase  42.09 
 
 
471 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03592  tryptophanase/L-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4259  tryptophanase  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37510  tryptophanase  44.37 
 
 
460 aa  379  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17665  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03536  hypothetical protein  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0801  tryptophanase  41.99 
 
 
471 aa  380  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000525745  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5139  tryptophanase  42.09 
 
 
471 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  normal  0.24086 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4217  tryptophanase  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.770521  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4286  tryptophanase  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4075  tryptophanase  42.31 
 
 
471 aa  381  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4214  tryptophanase  42.31 
 
 
471 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1117  tryptophanase  42.21 
 
 
472 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0376  tryptophanase  37.14 
 
 
489 aa  315  9.999999999999999e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3640  tryptophanase  38.27 
 
 
481 aa  310  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1966  tryptophanase  38.12 
 
 
482 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258492  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0932  tryptophanase  36.78 
 
 
479 aa  298  2e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000308736  hitchhiker  0.000000000350683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1789  tryptophanase  38.34 
 
 
482 aa  295  9e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3423  tryptophanase  37.44 
 
 
482 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4083  tryptophanase  37.53 
 
 
482 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.450224  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2787  tryptophanase  37.67 
 
 
482 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163221  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1995  tryptophanase  34.79 
 
 
487 aa  270  5e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.383478  normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2618  OnnB  30.34 
 
 
4539 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0002  putative polyketide synthase  28.85 
 
 
1557 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1481  polyketide synthase  28.85 
 
 
1558 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457199  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1393  polyketide synthase, type I  29.66 
 
 
4555 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1396  polyketide synthase, type I  28.85 
 
 
1563 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1478  polyketide synthase, type I  30.03 
 
 
4614 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0170  polyketide synthase  30.22 
 
 
2653 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1130  putative polyketide synthase PksL  30.22 
 
 
2726 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2598  KR domain protein  29.79 
 
 
7149 aa  97.8  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0554  Sep-tRNA:Cys-tRNA synthetase  28.57 
 
 
381 aa  45.8  0.002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>