63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2787 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010644  Emin_0932  tryptophanase  62.45 
 
 		 479 aa  643    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000308736  hitchhiker  0.000000000350683 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3640  tryptophanase  73.12 
 
 		 481 aa  761    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3423  tryptophanase  90.46 
 
 		 482 aa  928    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2787  tryptophanase  100 
 
 		 482 aa  998    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.163221  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1789  tryptophanase  81.33 
 
 		 482 aa  831    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1966  tryptophanase  89.83 
 
 		 482 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.258492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4083  tryptophanase  87.34 
 
 		 482 aa  899    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.450224  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1995  tryptophanase  62.21 
 
 		 487 aa  632  1e-180  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.383478  normal  0.337663 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0376  tryptophanase  58.87 
 
 		 489 aa  616  1e-175  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220464 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0866  tyrosine phenol-lyase  40.09 
 
 		 471 aa  365  1e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757235 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1118  tyrosine phenol-lyase  39.91 
 
 		 459 aa  359  5e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0320  tyrosine phenol-lyase  39.41 
 
 		 471 aa  358  9.999999999999999e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.666084  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1802  tyrosine phenol-lyase  39.95 
 
 		 458 aa  354  2e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.106432  hitchhiker  0.00367591 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1723  tyrosine phenol-lyase  38.75 
 
 		 457 aa  347  4e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3438  tyrosine phenol-lyase  39.07 
 
 		 474 aa  346  6e-94  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00561885  normal  0.374113 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2022  tryptophanase  39.74 
 
 		 462 aa  342  8e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20900  tryptophanase  39.96 
 
 		 462 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0309  tryptophanase  39.43 
 
 		 461 aa  332  9e-90  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1032  tryptophanase  37.86 
 
 		 462 aa  322  8e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2460  tryptophanase  37.97 
 
 		 473 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000212523  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0642  Tryptophanase  38.38 
 
 		 464 aa  318  2e-85  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2018  tryptophanase  37.09 
 
 		 462 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0829  Tryptophanase  38.05 
 
 		 464 aa  312  6.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.486815  normal  0.682269 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4875  tryptophanase  37.74 
 
 		 469 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.914376 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0587  tryptophanase  36.09 
 
 		 466 aa  311  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0251  tryptophanase  37.09 
 
 		 459 aa  310  4e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000036462  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1948  Tryptophanase  38.5 
 
 		 455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3931  tryptophanase  37.31 
 
 		 458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0694288  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000805  tryptophanase  37.74 
 
 		 466 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0147193  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1401  tryptophanase  36.18 
 
 		 459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.331984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3916  tryptophanase  37.31 
 
 		 465 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0626  tryptophanase  35 
 
 		 466 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.287834  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1760  tryptophanase  38.88 
 
 		 456 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637839  normal  0.596777 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06709  tryptophanase  37.75 
 
 		 477 aa  299  6e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1624  tryptophanase  38.5 
 
 		 462 aa  292  8e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2475  tryptophanase  37.67 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49505  predicted protein  36.36 
 
 		 456 aa  290  3e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0369192  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0018  Tryptophanase  35.25 
 
 		 450 aa  288  1e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1324  tryptophanase  35.68 
 
 		 462 aa  286  5e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0801  tryptophanase  34.7 
 
 		 471 aa  274  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000525745  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4075  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  274  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5139  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  normal  0.24086 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4259  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03536  hypothetical protein  35.13 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4286  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4217  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.770521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03592  tryptophanase/L-cysteine desulfhydrase, PLP-dependent  35.13 
 
 		 471 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4214  tryptophanase  35.13 
 
 		 471 aa  273  6e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1937  Tryptophanase  35.15 
 
 		 450 aa  272  1e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.771016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3922  tryptophanase  34.91 
 
 		 471 aa  270  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1117  tryptophanase  33.77 
 
 		 472 aa  260  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37510  tryptophanase  31.99 
 
 		 460 aa  241  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1396  polyketide synthase, type I  25.25 
 
 		 1563 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1481  polyketide synthase  25.25 
 
 		 1558 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.457199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0002  putative polyketide synthase  25.25 
 
 		 1557 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1130  putative polyketide synthase PksL  26.44 
 
 		 2726 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0170  polyketide synthase  26.44 
 
 		 2653 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2618  OnnB  28.31 
 
 		 4539 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1478  polyketide synthase, type I  28.31 
 
 		 4614 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1393  polyketide synthase, type I  28.31 
 
 		 4555 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2598  KR domain protein  24.48 
 
 		 7149 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0636  cysteine desulphurase-like protein  26.59 
 
 		 398 aa  44.7  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.024881  normal  0.355065 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6047  Threonine aldolase  25.09 
 
 		 348 aa  43.5  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>