54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2570 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2570  hypothetical protein  100 
 
 		 295 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0259  hypothetical protein  88.47 
 
 		 295 aa  540  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2087  hypothetical protein  33.86 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000659531  hitchhiker  0.0000000000148039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4395  hypothetical protein  25 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  28.26 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.52 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.75 
 
 		 211 aa  54.7  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.59 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.59 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.59 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.59 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.59 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0452  formate dehydrogenase gamma subunit  23.38 
 
 		 226 aa  53.9  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  27.31 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.83 
 
 		 228 aa  52.4  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  27.15 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0797  formate dehydrogenase gamma subunit  20.78 
 
 		 229 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.205396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4269  formate dehydrogenase, gamma subunit  24.03 
 
 		 227 aa  50.4  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.308563  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  26.87 
 
 		 211 aa  48.9  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.63 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0239  formate dehydrogenase, gamma subunit  20.56 
 
 		 326 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  40.98 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.47 
 
 		 218 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.47 
 
 		 218 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1927  formate dehydrogenase, putative  25.99 
 
 		 220 aa  47.4  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.58806  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.47 
 
 		 218 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.47 
 
 		 218 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  26.34 
 
 		 384 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2546  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.34 
 
 		 326 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00375695  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.05 
 
 		 341 aa  46.6  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  22.03 
 
 		 218 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.05 
 
 		 235 aa  46.2  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  26.84 
 
 		 217 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.73 
 
 		 218 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3662  formate dehydrogenase gamma subunit  23.98 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4214  formate dehydrogenase, gamma subunit  20.8 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.89 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.89 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  25.89 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0283  formate dehydrogenase gamma subunit  23.58 
 
 		 321 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1877  deca-heme C-type cytochrome-like protein  24.22 
 
 		 241 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.14633  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  21.28 
 
 		 342 aa  43.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1962  deca-heme C-type cytochrome-like protein  24.22 
 
 		 241 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.282752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  26.61 
 
 		 239 aa  43.5  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2001  deca-heme C-type cytochrome-like  24.22 
 
 		 241 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3372  formate dehydrogenase, gamma subunit  23.64 
 
 		 210 aa  42.7  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1427  formate dehydrogenase, gamma subunit  22.79 
 
 		 696 aa  42.7  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000366898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>