24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6500 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6500  PilT domain-containing protein  100 
 
 		 139 aa  276  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.741915 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6160  PilT protein domain protein  67.16 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3774  PilT domain-containing protein  56.2 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9511  nucleic acid-binding protein  54.01 
 
 		 139 aa  144  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114328  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7380  nucleic acid-binding protein  41.41 
 
 		 130 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0355  PilT protein  38.93 
 
 		 133 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.922806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1203  hypothetical protein  42.96 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.524053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1407  PilT domain-containing protein  34.07 
 
 		 143 aa  74.7  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.145227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4442  PilT domain-containing protein  38.36 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0406  PilT domain-containing protein  32.58 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000610027  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3783  hypothetical protein  42.96 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.873007  decreased coverage  0.000213032 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0480  PilT protein domain protein  37.68 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3368  hypothetical protein  36.59 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0355482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2763  hypothetical protein  35.71 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3012  hypothetical protein  34.75 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.886275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3053  PilT domain-containing protein  34.35 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.207599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2037  PilT protein domain protein  33.33 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1758  PilT protein  33.86 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.139479 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1020  PilT protein domain protein  31.75 
 
 		 128 aa  47  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1536  PilT domain-containing protein  32.85 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.798578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3938  PilT protein domain protein  29.46 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0930  PilT domain-containing protein  29.92 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1815  PilT protein domain protein  32.38 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000000295608  hitchhiker  0.0000000000237096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1760  PilT domain-containing protein  32.56 
 
 		 130 aa  40  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>