27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2037 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2037  PilT protein domain protein  100 
 
 
136 aa  277  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1758  PilT protein  39.37 
 
 
131 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.139479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4442  PilT domain-containing protein  34.56 
 
 
176 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0355  PilT protein  30.3 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.922806  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3774  PilT domain-containing protein  32.84 
 
 
138 aa  57.4  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9511  nucleic acid-binding protein  33.58 
 
 
139 aa  57  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114328  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2763  hypothetical protein  30 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3783  hypothetical protein  35 
 
 
139 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.873007  decreased coverage  0.000213032 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1738  PilT protein domain protein  28.78 
 
 
130 aa  54.3  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000240428  normal  0.135442 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6500  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.741915 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0930  PilT domain-containing protein  29.08 
 
 
132 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7380  nucleic acid-binding protein  31.82 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3053  PilT domain-containing protein  32.09 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.207599  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1169  PilT domain-containing protein  29.37 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.324472 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0241  PilT protein domain protein  32.33 
 
 
142 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1407  PilT domain-containing protein  31.06 
 
 
143 aa  51.6  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.145227  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1203  hypothetical protein  31.65 
 
 
137 aa  50.8  0.000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.524053  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0480  PilT protein domain protein  30.91 
 
 
141 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3012  hypothetical protein  30.71 
 
 
144 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.886275  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3368  hypothetical protein  36.89 
 
 
145 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0355482  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0450  hypothetical protein  24.44 
 
 
132 aa  48.1  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1760  PilT domain-containing protein  28.68 
 
 
130 aa  44.7  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6160  PilT protein domain protein  33.33 
 
 
138 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1536  PilT domain-containing protein  30.43 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.798578 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1390  PilT domain-containing protein  30.43 
 
 
135 aa  43.5  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0930438  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0406  PilT domain-containing protein  27.34 
 
 
143 aa  41.6  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000610027  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1017  hypothetical protein  35.56 
 
 
125 aa  41.2  0.004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.504321  normal  0.760781 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>