16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3938 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3938  PilT protein domain protein  100 
 
 		 131 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2191  PilT domain-containing protein  45.87 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556042  normal  0.493855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3094  PilT protein-like  42.72 
 
 		 142 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.183485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2119  PilT protein-like  44.12 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.901494  normal  0.482747 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0806  hypothetical protein  36.63 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0040933  hitchhiker  0.00739543 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2905  hypothetical protein  35.19 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225441  normal  0.0927091 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00310  predicted nucleic acid-binding protein, contains PIN domain  25.49 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0406  PilT domain-containing protein  34.55 
 
 		 143 aa  50.4  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000610027  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1961  PilT protein domain protein  28.43 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.342986 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9511  nucleic acid-binding protein  29.31 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114328  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4637  PilT domain-containing protein  31.78 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6160  PilT protein domain protein  29.91 
 
 		 138 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.668901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0050  hypothetical protein  32.46 
 
 		 140 aa  43.5  0.0009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7380  nucleic acid-binding protein  32.69 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3774  PilT domain-containing protein  32.46 
 
 		 138 aa  42  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6500  PilT domain-containing protein  29.46 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.741915 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>