30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3942 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3942  putative cytochrome c protein  100 
 
 		 175 aa  364  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0477  cytochrome c protein  69.93 
 
 		 181 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0021  hypothetical protein  60.14 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5969  putative cytochrome c protein  60 
 
 		 159 aa  197  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  53.05 
 
 		 175 aa  193  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1944  hypothetical protein  53.61 
 
 		 176 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  58.04 
 
 		 176 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  58.04 
 
 		 176 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  57.14 
 
 		 182 aa  186  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  56.85 
 
 		 203 aa  180  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  53.09 
 
 		 203 aa  179  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5978  hypothetical protein  56.85 
 
 		 203 aa  180  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1810  hypothetical protein  55.94 
 
 		 207 aa  164  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.553149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2146  hypothetical protein  55.94 
 
 		 199 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1762  hypothetical protein  57.04 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.547533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  50.71 
 
 		 189 aa  148  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  46.32 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5313  hypothetical protein  46.73 
 
 		 137 aa  94.7  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  45.19 
 
 		 165 aa  91.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  37.25 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  37.84 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  34.82 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  33.94 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  34.95 
 
 		 199 aa  57.8  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  32.48 
 
 		 249 aa  49.3  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  30.09 
 
 		 148 aa  44.7  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0172  hypothetical protein  26.27 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.44 
 
 		 455 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  41.67 
 
 		 519 aa  42  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  29.82 
 
 		 520 aa  41.2  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>