30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0477 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0477  cytochrome c protein  100 
 
 
181 aa  376  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3942  putative cytochrome c protein  69.93 
 
 
175 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104356  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0021  hypothetical protein  55.56 
 
 
226 aa  187  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1944  hypothetical protein  55.94 
 
 
176 aa  173  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388193  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  55.94 
 
 
176 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  55.94 
 
 
176 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  51.48 
 
 
182 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5969  putative cytochrome c protein  56.52 
 
 
159 aa  166  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  47.13 
 
 
175 aa  162  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  53.68 
 
 
203 aa  161  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5978  hypothetical protein  51.45 
 
 
203 aa  156  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  44.57 
 
 
203 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1810  hypothetical protein  48 
 
 
207 aa  151  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.553149  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2146  hypothetical protein  48 
 
 
199 aa  150  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1762  hypothetical protein  47.8 
 
 
199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.547533  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  43.5 
 
 
189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  44.93 
 
 
171 aa  123  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  49.5 
 
 
165 aa  95.1  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5313  hypothetical protein  47.12 
 
 
137 aa  90.5  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  38.78 
 
 
123 aa  72  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  36.63 
 
 
134 aa  61.2  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  32.5 
 
 
157 aa  59.3  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  33.33 
 
 
127 aa  58.9  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  33.33 
 
 
199 aa  55.1  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  29.2 
 
 
148 aa  49.3  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
249 aa  48.9  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  42.62 
 
 
356 aa  42  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  32.38 
 
 
373 aa  41.6  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  38.6 
 
 
520 aa  41.2  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2426  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (xoxG)  24.73 
 
 
139 aa  41.2  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00658149  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>