29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5313 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5313  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  279  9e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  75.38 
 
 		 165 aa  196  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  50 
 
 		 182 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3942  putative cytochrome c protein  46.73 
 
 		 175 aa  94.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5969  putative cytochrome c protein  43.2 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1944  hypothetical protein  43.14 
 
 		 176 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  44.12 
 
 		 176 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  44.12 
 
 		 176 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0477  cytochrome c protein  47.12 
 
 		 181 aa  89.7  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0021  hypothetical protein  43.93 
 
 		 226 aa  85.1  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  40.95 
 
 		 175 aa  84  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  43.4 
 
 		 203 aa  84  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5978  hypothetical protein  42.2 
 
 		 203 aa  84  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  42.2 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  44.34 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  40.95 
 
 		 171 aa  80.1  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2146  hypothetical protein  37.07 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1762  hypothetical protein  40.86 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.547533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1810  hypothetical protein  37.07 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.553149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  31.85 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  36.11 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  36.08 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  30.77 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  33.94 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  34.58 
 
 		 199 aa  57.8  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  35.35 
 
 		 249 aa  53.5  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2426  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (xoxG)  31 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00658149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0172  hypothetical protein  27.33 
 
 		 178 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6477  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  30 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.633318  normal  0.106709 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>