33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3107 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  100 
 
 		 127 aa  265  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  85.59 
 
 		 157 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  74.56 
 
 		 134 aa  188  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  79 
 
 		 199 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2426  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (xoxG)  53.33 
 
 		 139 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00658149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  50.82 
 
 		 148 aa  132  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6477  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  54.29 
 
 		 144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.633318  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  39.58 
 
 		 123 aa  80.5  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0058  hypothetical protein  32.28 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.771056 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  40.74 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  37.96 
 
 		 171 aa  68.2  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  38.39 
 
 		 203 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  36.7 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  37.61 
 
 		 189 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  34.58 
 
 		 182 aa  63.5  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5978  hypothetical protein  34.82 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5969  putative cytochrome c protein  34.58 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.657165  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5313  hypothetical protein  33.94 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.466467 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  30.28 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0021  hypothetical protein  32.11 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  30.28 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0477  cytochrome c protein  33.33 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3942  putative cytochrome c protein  33.94 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  34.26 
 
 		 165 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1944  hypothetical protein  27.52 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1810  hypothetical protein  37.11 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.553149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1762  hypothetical protein  35.04 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.547533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2146  hypothetical protein  37.11 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0490  cytochrome c class I  29.73 
 
 		 254 aa  44.3  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2102  cytochrome c, class I  36.99 
 
 		 268 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.895116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11331  cytochrome cM  30.12 
 
 		 130 aa  40.4  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.969799 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  36.76 
 
 		 152 aa  40.8  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4079  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.22 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.254828  normal  0.612683 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>