23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0058 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0058  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  269  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.771056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3107  hypothetical protein  32.28 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3394  hypothetical protein  29.6 
 
 		 157 aa  70.1  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.928771  decreased coverage  0.00867638 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3041  hypothetical protein  31.09 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4973  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  36.9 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.437867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2525  hypothetical protein  33.33 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2426  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (xoxG)  33.72 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00658149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6477  putative methanol dehydrogenase-like protein, cytochrome cL (XoxG)  32.18 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.633318  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2618  cytochrome c-555  28.43 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2792  cytochrome c, class I  34.41 
 
 		 249 aa  52  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.52873  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1478  cytochrome CytM  33.77 
 
 		 145 aa  47  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.611234 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5693  hypothetical protein  39.24 
 
 		 165 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3270  hypothetical protein  31.33 
 
 		 171 aa  46.2  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100674 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3517  hypothetical protein  32.41 
 
 		 189 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404669  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1586  putative cytochrome c protein  33 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.108034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0172  hypothetical protein  29.51 
 
 		 178 aa  43.9  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1780  putative cytochrome c protein  33.73 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.218363  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  30.28 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  30.28 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5753  hypothetical protein  29.09 
 
 		 203 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0656  cytochrome c, class I  32.94 
 
 		 283 aa  41.2  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11331  cytochrome cM  24.55 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.969799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0509  hypothetical protein  32.53 
 
 		 203 aa  40.4  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0951715  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>