82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3440 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  100 
 
 		 240 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  70.14 
 
 		 230 aa  285  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  69.34 
 
 		 231 aa  282  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  62.33 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  59.28 
 
 		 200 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  57.22 
 
 		 200 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  56.7 
 
 		 217 aa  212  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  56.28 
 
 		 211 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  43.98 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  43.52 
 
 		 264 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  42.49 
 
 		 275 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  39.45 
 
 		 221 aa  146  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  43.27 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  38.53 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  40.74 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  40.41 
 
 		 211 aa  141  7e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  41.21 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  37.69 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  40 
 
 		 247 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  36.23 
 
 		 239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  40 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  39.38 
 
 		 243 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  41.62 
 
 		 249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  40.64 
 
 		 240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  42 
 
 		 257 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  40.29 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  37.75 
 
 		 212 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  36.22 
 
 		 221 aa  106  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  37.25 
 
 		 202 aa  105  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  35.85 
 
 		 210 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  36.27 
 
 		 202 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  34.95 
 
 		 263 aa  99.8  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  35.92 
 
 		 206 aa  99.4  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  32.84 
 
 		 205 aa  99.4  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  33.82 
 
 		 210 aa  98.6  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  32.97 
 
 		 215 aa  89.7  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  33.72 
 
 		 194 aa  86.3  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  30.05 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  29.95 
 
 		 197 aa  82  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  38.39 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  36.69 
 
 		 205 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  29.44 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  34.9 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  33.33 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  33.58 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  35.81 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  31.46 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  32.54 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  28.65 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  40.4 
 
 		 119 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  35.71 
 
 		 210 aa  62  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1509  protein of unknown function DUF448  36.47 
 
 		 140 aa  52  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  40.3 
 
 		 139 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000579062  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  40.3 
 
 		 130 aa  50.1  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  32.94 
 
 		 103 aa  48.9  0.00007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23460  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  40.85 
 
 		 135 aa  47.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215318  normal  0.0432341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1181  hypothetical protein  36.17 
 
 		 135 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0245041  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2313  hypothetical protein  40.54 
 
 		 120 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13241  normal  0.0425099 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0771  hypothetical protein  21.71 
 
 		 193 aa  45.4  0.0008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1369  hypothetical protein  41.54 
 
 		 110 aa  45.4  0.0009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.101372  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2064  hypothetical protein  32.91 
 
 		 147 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  38.71 
 
 		 524 aa  44.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2127  hypothetical protein  32.5 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  33.33 
 
 		 100 aa  43.9  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2081  hypothetical protein  32.5 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  37.21 
 
 		 110 aa  43.5  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  32.31 
 
 		 90 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  32.31 
 
 		 90 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  29.11 
 
 		 94 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  35.62 
 
 		 120 aa  43.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  29.11 
 
 		 94 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  30.77 
 
 		 90 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  30.77 
 
 		 93 aa  42.4  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000033301  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0777  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  29.49 
 
 		 93 aa  42.4  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.894427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  30.77 
 
 		 93 aa  42.4  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  30.77 
 
 		 93 aa  42.4  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000614384  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  30.77 
 
 		 93 aa  42.4  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  30.77 
 
 		 90 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  30.77 
 
 		 90 aa  42  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  30.77 
 
 		 90 aa  42  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000195024  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  30.77 
 
 		 90 aa  42  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  31.33 
 
 		 90 aa  42  0.009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>