106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_14560 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  100 
 
 		 119 aa  236  9e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  52.78 
 
 		 524 aa  90.9  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1181  hypothetical protein  56.25 
 
 		 135 aa  89.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0245041  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7743  protein of unknown function DUF448  58.44 
 
 		 79 aa  87.4  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  58.11 
 
 		 139 aa  83.6  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000579062  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1509  protein of unknown function DUF448  48.54 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1060  hypothetical protein  50 
 
 		 97 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0185112  normal  0.0579872 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1516  hypothetical protein  45.98 
 
 		 113 aa  80.1  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.665046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  47.67 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2064  hypothetical protein  45.79 
 
 		 147 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2081  hypothetical protein  48 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2127  hypothetical protein  48 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.144756  decreased coverage  0.00998453 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2313  hypothetical protein  54.67 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13241  normal  0.0425099 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1369  hypothetical protein  53.33 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.101372  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  51.69 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2490  protein of unknown function DUF448  43.81 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  55.38 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3563  hypothetical protein  53.66 
 
 		 89 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00676266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0777  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  47.3 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.894427  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  40.4 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1140  hypothetical protein  46.75 
 
 		 87 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0164811 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1714  protein of unknown function DUF448  57.14 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23460  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  43.75 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215318  normal  0.0432341 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  44.94 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  42.5 
 
 		 231 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  37.11 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3191  hypothetical protein  42.11 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0484854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  42.5 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3854  protein of unknown function DUF448  43.28 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.785086  normal  0.0743558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11470  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  36.7 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0320056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1210  protein of unknown function DUF448  50.88 
 
 		 66 aa  58.2  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0555311  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  34 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1442  protein of unknown function DUF448  53.33 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0268949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07830  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  37.88 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  46.03 
 
 		 231 aa  54.3  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  46.77 
 
 		 200 aa  53.9  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  38.68 
 
 		 205 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10310  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  43.48 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.277899  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  41.43 
 
 		 234 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  40.24 
 
 		 275 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  38.82 
 
 		 239 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  44.78 
 
 		 247 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  34.52 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  46.27 
 
 		 243 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  44.78 
 
 		 247 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  36.92 
 
 		 92 aa  52  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  43.55 
 
 		 200 aa  51.6  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  43.55 
 
 		 217 aa  51.6  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  31.18 
 
 		 247 aa  51.2  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  34.88 
 
 		 197 aa  50.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  32.58 
 
 		 93 aa  50.4  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1229  protein of unknown function DUF448  44.64 
 
 		 87 aa  50.1  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171349  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07000  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  50 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.485696  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  30.48 
 
 		 197 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  42.62 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12855  hypothetical protein  44.19 
 
 		 99 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000192305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1048  hypothetical protein  46.15 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000486204  unclonable  0.00000000911443 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1050  protein of unknown function DUF448  36.73 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000103013  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  34.85 
 
 		 221 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2432  hypothetical protein  46.27 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.489483  normal  0.511781 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  43.75 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  37.8 
 
 		 264 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  35.48 
 
 		 211 aa  47.8  0.00005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1474  protein of unknown function DUF448  47.37 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00145328  unclonable  0.00000273772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  32.65 
 
 		 200 aa  47  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  41.94 
 
 		 259 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  41.94 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  38.81 
 
 		 197 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0474  hypothetical protein  44.62 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000988639  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1161  protein of unknown function DUF448  44.23 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  33.85 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  33.82 
 
 		 237 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  36.59 
 
 		 92 aa  45.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  35.94 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1101  hypothetical protein  42.31 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  39.06 
 
 		 240 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  40.62 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  32.31 
 
 		 221 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  32.81 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  38.24 
 
 		 118 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  0.0000107528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  40.32 
 
 		 257 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  34.83 
 
 		 215 aa  43.9  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  32.31 
 
 		 91 aa  42.7  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  28.79 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  35.38 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  36.84 
 
 		 263 aa  42.4  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3682  protein of unknown function DUF448  33.85 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000895939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  37.31 
 
 		 249 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0496  protein of unknown function DUF448  34.72 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.85619 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  32.81 
 
 		 88 aa  42  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  32.81 
 
 		 88 aa  41.6  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3190  protein of unknown function DUF448  36.51 
 
 		 89 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000866759  normal  0.144703 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2317  protein of unknown function DUF448  26.79 
 
 		 179 aa  42  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000982991  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  27.03 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  37.5 
 
 		 212 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  30.3 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421176  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  34.92 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0060  protein of unknown function DUF448  40.38 
 
 		 81 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0984  hypothetical protein  35.38 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0693423  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1959  hypothetical protein  36.51 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0352105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>