108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2911 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  100 
 
 		 205 aa  411  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  63.24 
 
 		 210 aa  259  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  63.68 
 
 		 210 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  64.4 
 
 		 202 aa  241  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  63.68 
 
 		 202 aa  237  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  58.88 
 
 		 212 aa  224  9e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  56.78 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  43.85 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  40.96 
 
 		 194 aa  138  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  40.31 
 
 		 263 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  39.58 
 
 		 215 aa  134  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  39.06 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  37.17 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  37.97 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  41.41 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  35.38 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  36.18 
 
 		 259 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  38.38 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  38.97 
 
 		 249 aa  121  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  34.55 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  40.91 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  34.36 
 
 		 275 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  33.85 
 
 		 221 aa  118  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  41.86 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  38.64 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  38.64 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  33.01 
 
 		 221 aa  112  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  34.76 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  38.37 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  34.02 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  34.02 
 
 		 252 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  33.68 
 
 		 200 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  32.84 
 
 		 240 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  32 
 
 		 231 aa  98.6  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  31.77 
 
 		 231 aa  98.6  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  34.21 
 
 		 200 aa  97.1  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  37.89 
 
 		 197 aa  97.1  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  32.18 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  34.02 
 
 		 244 aa  95.9  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  33.68 
 
 		 217 aa  95.5  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  37.27 
 
 		 197 aa  95.5  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  34.34 
 
 		 200 aa  95.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  36.47 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  33.33 
 
 		 246 aa  87.4  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  32.29 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  31.61 
 
 		 205 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  31.94 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  32.26 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  28.57 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  26.84 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  39.44 
 
 		 98 aa  62  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  32.56 
 
 		 94 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  32.56 
 
 		 94 aa  61.2  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31832  predicted protein  38.83 
 
 		 317 aa  58.9  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.485373 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2045  protein of unknown function DUF448  40.24 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0993  hypothetical protein  40.3 
 
 		 92 aa  58.2  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000776447  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  42.86 
 
 		 95 aa  57.8  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1433  protein of unknown function DUF448  36.59 
 
 		 93 aa  56.6  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00060627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0455  protein of unknown function DUF448  38.81 
 
 		 90 aa  57  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0834  hypothetical protein  29.07 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2467  hypothetical protein  40.3 
 
 		 93 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000893193  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1153  protein of unknown function DUF448  36.14 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421176  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3637  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000118018  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3666  hypothetical protein  40.3 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000614384  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3556  hypothetical protein  40.3 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000244888  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3574  hypothetical protein  40.3 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000033301  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3913  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0074087  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1331  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014271  hitchhiker  0.0000760943 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3853  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000207203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3952  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000117603  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0697  hypothetical protein  40.3 
 
 		 100 aa  54.3  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000302892  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1647  hypothetical protein  34.15 
 
 		 90 aa  54.7  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00356058  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3862  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000195024  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3827  hypothetical protein  40.3 
 
 		 90 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.33695e-63 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  33.77 
 
 		 103 aa  53.5  0.000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0924  hypothetical protein  37.8 
 
 		 92 aa  52.8  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000861315  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0608  protein of unknown function DUF448  33.77 
 
 		 88 aa  51.6  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166199  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1942  hypothetical protein  35.44 
 
 		 88 aa  50.8  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1660  hypothetical protein  35.44 
 
 		 88 aa  51.2  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0379  hypothetical protein  36.67 
 
 		 98 aa  50.1  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3678  protein of unknown function DUF448  35.8 
 
 		 89 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000159696  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1357  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  38.37 
 
 		 91 aa  49.7  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0381  hypothetical protein  35.56 
 
 		 98 aa  49.7  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3750  hypothetical protein  33.78 
 
 		 118 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136006  unclonable  0.0000107528 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2776  hypothetical protein  30.86 
 
 		 91 aa  50.1  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000158399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  32.1 
 
 		 93 aa  48.9  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0812  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  36.05 
 
 		 98 aa  48.5  0.00006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00180555  hitchhiker  0.00771974 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1664  protein of unknown function DUF448  34.12 
 
 		 95 aa  48.9  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000838952  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3190  protein of unknown function DUF448  30.88 
 
 		 89 aa  48.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000866759  normal  0.144703 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0815  hypothetical protein  34.83 
 
 		 108 aa  47.4  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.183473  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0911  protein of unknown function DUF448  32.84 
 
 		 100 aa  47.8  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0335  hypothetical protein  29.67 
 
 		 95 aa  47  0.0002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08050  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  33.73 
 
 		 105 aa  47  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.241726  normal  0.0903759 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1133  hypothetical protein  32.43 
 
 		 104 aa  46.2  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000628403  normal  0.789236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0474  hypothetical protein  35.14 
 
 		 107 aa  45.8  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000988639  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3682  protein of unknown function DUF448  28.57 
 
 		 108 aa  45.4  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000895939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1811  protein of unknown function DUF448  37.88 
 
 		 95 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.391163  normal  0.635855 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1959  hypothetical protein  33.82 
 
 		 88 aa  45.4  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0352105  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1516  hypothetical protein  31.08 
 
 		 113 aa  45.1  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.665046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0875  hypothetical protein  33.82 
 
 		 104 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00646034  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>