75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1048 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1048  hypothetical protein  100 
 
 
247 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.911629  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2296  protein of unknown function DUF448  65.97 
 
 
234 aa  254  9e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0327098 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0441  hypothetical protein  48.67 
 
 
259 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0056  hypothetical protein  52.45 
 
 
237 aa  184  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.955133  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0599  hypothetical protein  51.03 
 
 
275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.48783  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2820  protein of unknown function DUF448  47.14 
 
 
243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19991  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2924  protein of unknown function DUF448  47.14 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.0939755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2698  hypothetical protein  47.14 
 
 
247 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.430127  normal  0.265509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4617  protein of unknown function DUF448  51.03 
 
 
249 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204222  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0232  hypothetical protein  47.85 
 
 
264 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.024742  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0023  hypothetical protein  48.69 
 
 
221 aa  171  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.488276  normal  0.0323771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3728  hypothetical protein  49 
 
 
240 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.373596  normal  0.0153677 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0294  hypothetical protein  46.84 
 
 
239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.211719  decreased coverage  0.00732343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2612  hypothetical protein  52.66 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150488  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0030  hypothetical protein  44.66 
 
 
221 aa  160  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0748  hypothetical protein  44.9 
 
 
200 aa  158  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213653  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0479  hypothetical protein  48.72 
 
 
234 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.256495 
 
 
-
 
NC_004310  BR2164  hypothetical protein  45.26 
 
 
200 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2076  hypothetical protein  44.74 
 
 
217 aa  152  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.168905  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0168  hypothetical protein  42.19 
 
 
231 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1253  hypothetical protein  39.06 
 
 
211 aa  143  3e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4068  hypothetical protein  37.5 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4388  hypothetical protein  37.5 
 
 
230 aa  137  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0032  hypothetical protein  42.86 
 
 
221 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.306313 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3440  hypothetical protein  37.69 
 
 
240 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21121  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2593  hypothetical protein  41.09 
 
 
206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3929  hypothetical protein  46.11 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.336833  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2911  hypothetical protein  39.06 
 
 
205 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.396041  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0039  hypothetical protein  40.1 
 
 
210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3627  hypothetical protein  41.71 
 
 
227 aa  121  8e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.426525 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3042  hypothetical protein  35.98 
 
 
194 aa  115  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1164  hypothetical protein  39.46 
 
 
210 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.872281  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2756  hypothetical protein  42.05 
 
 
202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.014789  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2825  hypothetical protein  40.57 
 
 
202 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3562  hypothetical protein  38.35 
 
 
212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3780  hypothetical protein  35.82 
 
 
263 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2069  hypothetical protein  35.63 
 
 
215 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.587906 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0611  hypothetical protein  30.66 
 
 
252 aa  91.7  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0129859  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3817  hypothetical protein  34.83 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.429858  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2491  hypothetical protein  32.65 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00369583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2982  protein of unknown function DUF448  36.14 
 
 
197 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.54059e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1301  protein of unknown function DUF448  36.14 
 
 
197 aa  85.5  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000545277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1587  ribosomal protein L7Ae family protein  32.82 
 
 
205 aa  85.1  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00501586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0962  hypothetical protein  40.78 
 
 
200 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.342649  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1668  protein of unknown function DUF448  31.19 
 
 
203 aa  82  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0224  hypothetical protein  32.58 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1554  L7Ae family ribosomal protein  36.67 
 
 
212 aa  76.3  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000328024  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1585  50S ribosomal protein L7AE  39.81 
 
 
205 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0618553  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1900  hypothetical protein  37.38 
 
 
197 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0283041  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3728  50S ribosomal protein L7AE  31.85 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.058823  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1516  hypothetical protein  36.36 
 
 
113 aa  52.4  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.665046  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1369  hypothetical protein  38.81 
 
 
110 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.101372  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14560  predicted nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  31.18 
 
 
119 aa  51.2  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00191039  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1181  hypothetical protein  40 
 
 
135 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0245041  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1326  hypothetical protein  38.81 
 
 
110 aa  50.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.940508  normal  0.0110946 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2205  protein of unknown function DUF448  35.29 
 
 
139 aa  49.3  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000579062  decreased coverage  0.000388749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1415  hypothetical protein  38.81 
 
 
130 aa  49.3  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00199803  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3967  NusA domain protein  38.67 
 
 
524 aa  48.5  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.882559  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3191  hypothetical protein  34.21 
 
 
121 aa  48.5  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0484854  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7743  protein of unknown function DUF448  40.32 
 
 
79 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1060  hypothetical protein  37.88 
 
 
97 aa  47.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0185112  normal  0.0579872 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1327  hypothetical protein  36.92 
 
 
94 aa  46.6  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1353  hypothetical protein  36.92 
 
 
94 aa  46.6  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1509  protein of unknown function DUF448  29.29 
 
 
140 aa  46.6  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3682  protein of unknown function DUF448  35.94 
 
 
108 aa  45.4  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000895939  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0060  protein of unknown function DUF448  36.62 
 
 
81 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0777  nucleic-acid-binding protein implicated in transcription termination  33.8 
 
 
93 aa  44.7  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.894427  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl293  hypothetical protein  38.89 
 
 
103 aa  43.9  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0458979  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1048  hypothetical protein  36.36 
 
 
93 aa  43.9  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000486204  unclonable  0.00000000911443 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4040  hypothetical protein  32.04 
 
 
120 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0434499  normal  0.402305 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1207  protein of unknown function DUF448  32.35 
 
 
98 aa  43.5  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000602769  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0771  hypothetical protein  26.25 
 
 
193 aa  43.5  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0995  protein of unknown function DUF448  37.31 
 
 
95 aa  42.7  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000159922  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2514  hypothetical protein  39.39 
 
 
83 aa  42.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0898  hypothetical protein  25 
 
 
93 aa  42  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0615724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>