264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0036 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0036  scaffold protein Nfu/NifU  100 
 
 		 188 aa  386  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0881083  hitchhiker  0.0000181724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0024  Scaffold protein Nfu/NifU  82.8 
 
 		 188 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.419851 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0036  Scaffold protein Nfu/NifU  81.72 
 
 		 188 aa  313  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.231277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0430  hypothetical protein  78.72 
 
 		 186 aa  309  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4037  nitrogen-fixing NifU-like  74.47 
 
 		 189 aa  304  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0153  scaffold protein Nfu/NifU  74.74 
 
 		 190 aa  296  9e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0140  NifU-related protein  74.74 
 
 		 190 aa  287  6e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0134  NifU-related protein  74.74 
 
 		 190 aa  287  6e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00825478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0040  putative nifU protein  70.05 
 
 		 189 aa  275  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1170  NifU family protein  66.84 
 
 		 192 aa  273  7e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.841091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0463  nitrogen-fixing NifU-like  64.55 
 
 		 188 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1823  scaffold protein Nfu/NifU  65.43 
 
 		 186 aa  257  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.266684  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4429  Scaffold protein Nfu/NifU  65.79 
 
 		 187 aa  256  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.021918  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3198  scaffold protein Nfu/NifU  64.74 
 
 		 188 aa  255  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.113842  normal  0.941743 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3522  Scaffold protein Nfu/NifU  64.74 
 
 		 188 aa  255  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.128195  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3394  Scaffold protein Nfu/NifU  65.79 
 
 		 188 aa  255  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0247  nitrogen-fixing NifU-like  67.78 
 
 		 188 aa  250  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0457  Scaffold protein Nfu/NifU  65.17 
 
 		 188 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0016  nitrogen-fixing NifU-like  65.38 
 
 		 191 aa  247  7e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00443934  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0585  nitrogen-fixing NifU-like  67.04 
 
 		 188 aa  244  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0009  nitrogen-fixing NifU  65.19 
 
 		 190 aa  244  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964123  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3394  scaffold protein Nfu/NifU  63.68 
 
 		 187 aa  244  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.252706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2900  Scaffold protein Nfu/NifU  58.51 
 
 		 187 aa  239  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0644  scaffold protein Nfu/NifU  64.21 
 
 		 188 aa  240  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.728561 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3091  nitrogen-fixing NifU-like  58.76 
 
 		 187 aa  235  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.758224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  59.26 
 
 		 183 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0865  nitrogen-fixing NifU-like  59.79 
 
 		 187 aa  232  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0531  NifU domain-containing protein  59.79 
 
 		 184 aa  232  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2839  hypothetical protein  59.79 
 
 		 187 aa  232  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0061746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0889  NifU domain-containing protein  59.26 
 
 		 186 aa  228  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0368383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3611  scaffold protein Nfu/NifU  59.57 
 
 		 201 aa  228  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1051  scaffold protein Nfu/NifU  60.64 
 
 		 187 aa  225  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.906453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  56.02 
 
 		 190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2279  NifU domain-containing protein  60.85 
 
 		 186 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473385  normal  0.588083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2380  scaffold protein Nfu/NifU-like protein  56.08 
 
 		 192 aa  217  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2214  nitrogen-fixing NifU  58.73 
 
 		 186 aa  214  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  57.14 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0019  scaffold protein Nfu/NifU  55.56 
 
 		 189 aa  204  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.01661  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3028  NifU domain-containing protein  53.4 
 
 		 187 aa  203  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2095  Scaffold protein Nfu/NifU  55.26 
 
 		 187 aa  203  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.724202  normal  0.959854 
 
 
-
 
NC_002978  WD1075  NifU domain-containing protein  51.32 
 
 		 191 aa  195  4.0000000000000005e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.152457  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0988  nitrogen-fixing NifU-like  52.08 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  49.47 
 
 		 206 aa  184  9e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  45.77 
 
 		 326 aa  177  7e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0817  NifU-like domain-containing protein  45.5 
 
 		 180 aa  176  2e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.946784  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0202  NifU domain-containing protein  45.55 
 
 		 186 aa  174  5e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.419863  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82838  predicted protein  48.19 
 
 		 254 aa  174  7e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0133189  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01900  iron ion homeostasis-related protein, putative  52.36 
 
 		 309 aa  169  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0800  nitrogen-fixing NifU, C-terminal  45.18 
 
 		 186 aa  162  3e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  40.51 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76567  predicted protein  40.74 
 
 		 242 aa  140  8e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.000975228 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.94 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0722  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.22 
 
 		 198 aa  134  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0513742 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0365  thioredoxin-related protein  40.22 
 
 		 191 aa  132  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.299726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4882  nitrogen-fixing NifU domain protein  35.94 
 
 		 198 aa  114  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.436115  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01075  NifU-like domain protein  33.51 
 
 		 305 aa  114  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1676  NifU domain-containing protein  35.16 
 
 		 299 aa  110  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2479  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.87 
 
 		 200 aa  107  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40084  normal  0.245689 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1955  nitrogen-fixing NifU domain protein  33.7 
 
 		 299 aa  95.1  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0701  nitrogen-fixing NifU-like  31.18 
 
 		 186 aa  86.7  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2988  nitrogen-fixing NifU domain protein  27.84 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1865  nitrogen-fixing NifU-like  25.53 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0962  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.47 
 
 		 81 aa  70.5  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.27 
 
 		 72 aa  67  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  43.48 
 
 		 73 aa  65.1  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  43.28 
 
 		 80 aa  64.7  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0522  NifU domain-containing protein  46.38 
 
 		 80 aa  62.4  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0955  NifU domain-containing protein  41.18 
 
 		 80 aa  62  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1408  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.44 
 
 		 73 aa  62  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.510061  normal  0.98694 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0330  nitrogen-fixing NifU-like protein  37.33 
 
 		 91 aa  62  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0936  NifU domain-containing protein  41.18 
 
 		 80 aa  62  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00633324  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12230  thioredoxin-like protein  44.29 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000175361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0723  NifU domain-containing protein  38.16 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603746 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2358  nitrogen-fixing NifU domain protein  51.52 
 
 		 86 aa  61.2  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3034  nitrogen-fixing NifU-like  42.62 
 
 		 76 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.44 
 
 		 73 aa  60.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1483  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.58 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.530906  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1148  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 		 79 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.52272 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1119  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 		 79 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3554  NifU domain-containing protein  45.16 
 
 		 78 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1653  NifU protein, putative  48.48 
 
 		 84 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.421868  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0085  NifU domain-containing protein  40.32 
 
 		 72 aa  59.7  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000210342  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0419  nitrogen-fixing NifU domain protein  48.48 
 
 		 86 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0336152  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2034  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2015  NifU domain-containing protein  48.48 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000000213209  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2018  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.48 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.700022  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1070  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.03 
 
 		 76 aa  59.3  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  37.5 
 
 		 103 aa  59.3  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0398  NifU protein, putative  48.48 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.939749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1782  NifU family protein  35.14 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1815  nitrogen-fixing NifU domain protein  48.39 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0183632  normal  0.633859 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0450  putative NifU-like protein  42.62 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.47 
 
 		 87 aa  59.3  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0260  NifU domain-containing protein  35.62 
 
 		 74 aa  58.9  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  39.06 
 
 		 74 aa  58.9  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0399  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.86 
 
 		 79 aa  58.9  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2023  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.68 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3080  nitrogen-fixing NifU-like  44.29 
 
 		 74 aa  58.5  0.00000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4659  NifU domain-containing protein  43.55 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5094  nifU domain protein  43.55 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>