281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3611 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3611  scaffold protein Nfu/NifU  100 
 
 
201 aa  414  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3091  nitrogen-fixing NifU-like  68.45 
 
 
187 aa  268  4e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.758224  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0865  nitrogen-fixing NifU-like  69.52 
 
 
187 aa  264  5.999999999999999e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2839  hypothetical protein  67.91 
 
 
187 aa  258  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0061746  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0531  NifU domain-containing protein  67.38 
 
 
184 aa  253  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241454  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0040  putative nifU protein  64.89 
 
 
189 aa  251  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0889  NifU domain-containing protein  65.24 
 
 
186 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0368383  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4037  nitrogen-fixing NifU-like  67.02 
 
 
189 aa  249  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1823  scaffold protein Nfu/NifU  63.64 
 
 
186 aa  247  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.266684  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0153  scaffold protein Nfu/NifU  63.73 
 
 
190 aa  241  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1170  NifU family protein  62.77 
 
 
192 aa  240  7.999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.841091  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0430  hypothetical protein  64.36 
 
 
186 aa  239  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0036  scaffold protein Nfu/NifU  60.85 
 
 
188 aa  234  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0881083  hitchhiker  0.0000181724 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0036  Scaffold protein Nfu/NifU  60.75 
 
 
188 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.231277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0024  Scaffold protein Nfu/NifU  61.29 
 
 
188 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.419851 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2214  nitrogen-fixing NifU  64.71 
 
 
186 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0463  nitrogen-fixing NifU-like  58.2 
 
 
188 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0140  NifU-related protein  62.63 
 
 
190 aa  231  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0134  NifU-related protein  62.63 
 
 
190 aa  231  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00825478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2279  NifU domain-containing protein  66.31 
 
 
186 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473385  normal  0.588083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0009  nitrogen-fixing NifU  62.09 
 
 
190 aa  229  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964123  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0016  nitrogen-fixing NifU-like  60.99 
 
 
191 aa  228  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00443934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0457  Scaffold protein Nfu/NifU  61.24 
 
 
188 aa  225  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0019  scaffold protein Nfu/NifU  60.64 
 
 
189 aa  225  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.01661  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4429  Scaffold protein Nfu/NifU  60.11 
 
 
187 aa  225  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.021918  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  59.57 
 
 
183 aa  224  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0247  nitrogen-fixing NifU-like  62.01 
 
 
188 aa  224  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0585  nitrogen-fixing NifU-like  60.89 
 
 
188 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3394  scaffold protein Nfu/NifU  59.04 
 
 
187 aa  217  8.999999999999998e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.252706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3198  scaffold protein Nfu/NifU  57.14 
 
 
188 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.113842  normal  0.941743 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3522  Scaffold protein Nfu/NifU  57.14 
 
 
188 aa  216  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.128195  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3394  Scaffold protein Nfu/NifU  57.07 
 
 
188 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2900  Scaffold protein Nfu/NifU  55.85 
 
 
187 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  54.97 
 
 
190 aa  214  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2380  scaffold protein Nfu/NifU-like protein  53.44 
 
 
192 aa  211  5.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3028  NifU domain-containing protein  57.14 
 
 
187 aa  210  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  59.04 
 
 
185 aa  205  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1051  scaffold protein Nfu/NifU  56.77 
 
 
187 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.906453  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2095  Scaffold protein Nfu/NifU  57.07 
 
 
187 aa  201  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.724202  normal  0.959854 
 
 
-
 
NC_002978  WD1075  NifU domain-containing protein  53.59 
 
 
191 aa  200  9.999999999999999e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.152457  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0644  scaffold protein Nfu/NifU  59.26 
 
 
188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.728561 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0988  nitrogen-fixing NifU-like  49.27 
 
 
195 aa  190  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  51.3 
 
 
206 aa  188  4e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0817  NifU-like domain-containing protein  48.13 
 
 
180 aa  182  3e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.946784  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  46.86 
 
 
326 aa  178  4e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0800  nitrogen-fixing NifU, C-terminal  48.95 
 
 
186 aa  177  8e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0202  NifU domain-containing protein  47.06 
 
 
186 aa  176  1e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.419863  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82838  predicted protein  44.74 
 
 
254 aa  176  2e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0133189  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01900  iron ion homeostasis-related protein, putative  45.89 
 
 
309 aa  166  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0365  thioredoxin-related protein  47.25 
 
 
191 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.299726  normal 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  45.08 
 
 
195 aa  154  7e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  44.26 
 
 
183 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0722  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.64 
 
 
198 aa  148  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0513742 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76567  predicted protein  41.41 
 
 
242 aa  144  8.000000000000001e-34  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000975228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4882  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.95 
 
 
198 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.436115  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2479  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.22 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40084  normal  0.245689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1676  NifU domain-containing protein  40.11 
 
 
299 aa  114  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01075  NifU-like domain protein  33.33 
 
 
305 aa  111  9e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1955  nitrogen-fixing NifU domain protein  35.33 
 
 
299 aa  102  5e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0701  nitrogen-fixing NifU-like  33.33 
 
 
186 aa  93.6  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1865  nitrogen-fixing NifU-like  34.08 
 
 
186 aa  86.7  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5086  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0148  nifU domain protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4821  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4659  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4678  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5094  nifU domain protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5186  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5056  nifU domain protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4771  NifU domain-containing protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5092  nifU domain protein  48.57 
 
 
78 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0955  NifU domain-containing protein  44.16 
 
 
80 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0936  NifU domain-containing protein  44.16 
 
 
80 aa  73.6  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00633324  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0522  NifU domain-containing protein  44.16 
 
 
80 aa  72.8  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3554  NifU domain-containing protein  47.14 
 
 
78 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.95 
 
 
74 aa  72  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000024465  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2988  nitrogen-fixing NifU domain protein  28.65 
 
 
202 aa  70.9  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  44.87 
 
 
80 aa  70.5  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2023  nitrogen-fixing NifU domain protein  47.06 
 
 
81 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.67 
 
 
72 aa  69.3  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2034  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.71 
 
 
76 aa  68.2  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0074  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.32 
 
 
87 aa  67.8  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1119  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.71 
 
 
79 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1148  nitrogen-fixing NifU domain protein  45.71 
 
 
79 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.52272 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3034  nitrogen-fixing NifU-like  43.06 
 
 
76 aa  66.2  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3037  nitrogen-fixing NifU domain protein  50.79 
 
 
78 aa  66.2  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0414  NifU-like protein  45.71 
 
 
81 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212463  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2893  nitrogen-fixing NifU domain protein  50.79 
 
 
78 aa  66.2  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04381  NifU-like protein  45.71 
 
 
81 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.725479  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04691  NifU-like protein  45.71 
 
 
81 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04791  NifU-like protein  45.71 
 
 
81 aa  66.2  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3080  nitrogen-fixing NifU-like  47.89 
 
 
74 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0085  NifU domain-containing protein  42.86 
 
 
72 aa  65.1  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000210342  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16946  predicted protein  41.57 
 
 
213 aa  65.5  0.0000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  47.06 
 
 
103 aa  64.7  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.86 
 
 
73 aa  64.7  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0962  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.91 
 
 
81 aa  64.7  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1752  NifU-like protein  42.86 
 
 
81 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.354649  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46593  predicted protein  47.06 
 
 
225 aa  63.9  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.78436  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04711  NifU-like protein  42.86 
 
 
81 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.265709  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>