292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0585 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0585  nitrogen-fixing NifU-like  100 
 
 
188 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0247  nitrogen-fixing NifU-like  93.85 
 
 
188 aa  342  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0463  nitrogen-fixing NifU-like  85.64 
 
 
188 aa  339  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0040  putative nifU protein  83.6 
 
 
189 aa  327  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0457  Scaffold protein Nfu/NifU  87.64 
 
 
188 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0009  nitrogen-fixing NifU  77.22 
 
 
190 aa  281  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964123  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0016  nitrogen-fixing NifU-like  75.69 
 
 
191 aa  278  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00443934  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0153  scaffold protein Nfu/NifU  70 
 
 
190 aa  275  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0036  Scaffold protein Nfu/NifU  66.49 
 
 
188 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.231277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0430  hypothetical protein  68.42 
 
 
186 aa  269  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.255854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0036  scaffold protein Nfu/NifU  66.67 
 
 
188 aa  265  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0881083  hitchhiker  0.0000181724 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1823  scaffold protein Nfu/NifU  69.15 
 
 
186 aa  265  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.266684  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0024  Scaffold protein Nfu/NifU  65.95 
 
 
188 aa  265  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.419851 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4037  nitrogen-fixing NifU-like  68.06 
 
 
189 aa  261  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1170  NifU family protein  65.24 
 
 
192 aa  259  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.841091  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2900  Scaffold protein Nfu/NifU  65.61 
 
 
187 aa  258  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_004310  BR0140  NifU-related protein  67.37 
 
 
190 aa  256  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0134  NifU-related protein  67.37 
 
 
190 aa  256  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00825478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4429  Scaffold protein Nfu/NifU  65.97 
 
 
187 aa  256  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.021918  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3394  Scaffold protein Nfu/NifU  64.74 
 
 
188 aa  251  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3522  Scaffold protein Nfu/NifU  65.26 
 
 
188 aa  251  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.128195  normal  0.0920185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3198  scaffold protein Nfu/NifU  65.26 
 
 
188 aa  251  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.113842  normal  0.941743 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3091  nitrogen-fixing NifU-like  60.32 
 
 
187 aa  243  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.758224  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3394  scaffold protein Nfu/NifU  64.21 
 
 
187 aa  239  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.252706 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1051  scaffold protein Nfu/NifU  65.43 
 
 
187 aa  239  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.906453  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0865  nitrogen-fixing NifU-like  62.43 
 
 
187 aa  238  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3611  scaffold protein Nfu/NifU  61.9 
 
 
201 aa  238  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0531  NifU domain-containing protein  64.02 
 
 
184 aa  236  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241454  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0889  NifU domain-containing protein  61.86 
 
 
186 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0368383  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0644  scaffold protein Nfu/NifU  65.26 
 
 
188 aa  235  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.728561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2839  hypothetical protein  60.85 
 
 
187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0061746  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2214  nitrogen-fixing NifU  61.86 
 
 
186 aa  226  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.731458  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3531  nitrogen-fixing NifU-like  57.14 
 
 
183 aa  225  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2279  NifU domain-containing protein  60.82 
 
 
186 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.473385  normal  0.588083 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2380  scaffold protein Nfu/NifU-like protein  58.29 
 
 
192 aa  221  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2071  nitrogen-fixing NifU-like protein  55.5 
 
 
190 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0389413  normal  0.471165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0988  nitrogen-fixing NifU-like  57.37 
 
 
195 aa  210  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0019  scaffold protein Nfu/NifU  54.26 
 
 
189 aa  204  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.01661  normal  0.743316 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1775  NifU domain-containing protein  60.32 
 
 
185 aa  202  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2095  Scaffold protein Nfu/NifU  54.97 
 
 
187 aa  195  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.724202  normal  0.959854 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3028  NifU domain-containing protein  52.88 
 
 
187 aa  192  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1075  NifU domain-containing protein  49.46 
 
 
191 aa  189  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.152457  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30771  predicted protein  48.66 
 
 
206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.777457  normal  0.560204 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0817  NifU-like domain-containing protein  47.09 
 
 
180 aa  177  8e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.946784  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01900  iron ion homeostasis-related protein, putative  49.74 
 
 
309 aa  174  9e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00447  NifU-related protein (AFU_orthologue; AFUA_1G04680)  46.27 
 
 
326 aa  173  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215741  normal  0.563754 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82838  predicted protein  44.39 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0133189  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0202  NifU domain-containing protein  46.03 
 
 
186 aa  171  6.999999999999999e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.419863  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0800  nitrogen-fixing NifU, C-terminal  45.69 
 
 
186 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_76567  predicted protein  42.55 
 
 
242 aa  149  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.000975228 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_16693  predicted protein  43.94 
 
 
195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2934  nitrogen-fixing NifU domain protein  41.62 
 
 
183 aa  144  9e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0974289 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0365  thioredoxin-related protein  41.08 
 
 
191 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.299726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0722  nitrogen-fixing NifU domain protein  38.59 
 
 
198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0513742 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1676  NifU domain-containing protein  37.99 
 
 
299 aa  119  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4882  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.6 
 
 
198 aa  114  8.999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.436115  normal  0.113106 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2479  nitrogen-fixing NifU domain protein  36.7 
 
 
200 aa  112  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40084  normal  0.245689 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01075  NifU-like domain protein  31.77 
 
 
305 aa  105  5e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0701  nitrogen-fixing NifU-like  33.16 
 
 
186 aa  95.5  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1955  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.6 
 
 
299 aa  91.7  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1865  nitrogen-fixing NifU-like  26.63 
 
 
186 aa  72.8  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2988  nitrogen-fixing NifU domain protein  27.98 
 
 
202 aa  70.5  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0889  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.67 
 
 
72 aa  67.8  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000213557  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3402  nitrogen-fixing NifU-like  44.59 
 
 
80 aa  66.2  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.168954 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03110  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.88 
 
 
74 aa  65.1  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0522  NifU domain-containing protein  49.28 
 
 
80 aa  65.1  0.0000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0955  NifU domain-containing protein  47.83 
 
 
80 aa  63.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1148  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.26 
 
 
79 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.52272 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1119  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.26 
 
 
79 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0936  NifU domain-containing protein  47.83 
 
 
80 aa  63.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00633324  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3484  nitrogen-fixing NifU domain protein  46.03 
 
 
74 aa  63.2  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000024465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3554  NifU domain-containing protein  48.39 
 
 
78 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1466  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.12 
 
 
73 aa  62  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5092  nifU domain protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5086  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4821  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4659  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4678  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5186  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5056  nifU domain protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0148  nifU domain protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5094  nifU domain protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4771  NifU domain-containing protein  46.77 
 
 
78 aa  61.6  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1070  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.85 
 
 
76 aa  61.2  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3034  nitrogen-fixing NifU-like  40 
 
 
76 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0330  nitrogen-fixing NifU-like protein  42.25 
 
 
91 aa  60.8  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3614  nitrogen-fixing NifU domain protein  49.12 
 
 
73 aa  60.1  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0187737  normal  0.20097 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2023  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.28 
 
 
81 aa  60.1  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3441  nitrogen-fixing NifU domain-containing protein  38.16 
 
 
79 aa  60.1  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15130  thioredoxin-like protein  41.56 
 
 
76 aa  60.1  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.206063 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0962  nitrogen-fixing NifU domain protein  40.85 
 
 
81 aa  60.5  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12230  thioredoxin-like protein  47.54 
 
 
75 aa  60.1  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000175361  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2331  NifU-like protein  39.02 
 
 
103 aa  59.7  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00196281  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1782  NifU family protein  39.06 
 
 
88 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2034  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 
76 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04161  NifU-like protein  40.54 
 
 
81 aa  58.9  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.43569  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0333  NifU domain-containing protein  48.33 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000601792  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1632  NifU-like protein  45.07 
 
 
72 aa  58.5  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000186996  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1107  nitrogen-fixing NifU domain protein  42.62 
 
 
77 aa  58.5  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162394  hitchhiker  0.0000000000000133842 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0110  conserved hypothetical protein, NifU family protein  42.19 
 
 
91 aa  58.5  0.00000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000197902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>