More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1506 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1506  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
294 aa  598  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2768  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.87 
 
 
286 aa  325  7e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00920266  normal  0.0367818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1872  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.92 
 
 
286 aa  300  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0354074  hitchhiker  0.00000022956 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1808  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.49 
 
 
324 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.29945  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05583  siroheme synthase  47.35 
 
 
301 aa  231  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001603  uroporphyrinogen-III methyltransferase  47.35 
 
 
301 aa  228  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.02 
 
 
276 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  44.44 
 
 
279 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.63 
 
 
272 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0611  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  44.86 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4228  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.15 
 
 
292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.2 
 
 
283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  45.12 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  45.12 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  45.12 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  45.12 
 
 
459 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  45.12 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.8 
 
 
286 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.530041  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  45.93 
 
 
457 aa  197  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.92 
 
 
458 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  44.26 
 
 
459 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
263 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  43.9 
 
 
457 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  45.9 
 
 
467 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.67 
 
 
277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.61 
 
 
314 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000190604  normal  0.797917 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.44 
 
 
480 aa  189  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1025  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.98 
 
 
293 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  43.03 
 
 
459 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.06 
 
 
277 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.08 
 
 
272 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.26 
 
 
276 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  44.26 
 
 
470 aa  186  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  44.26 
 
 
473 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  44.26 
 
 
473 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.44 
 
 
276 aa  185  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  40.89 
 
 
275 aa  185  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.47 
 
 
481 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.44 
 
 
480 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.21 
 
 
463 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.57 
 
 
262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2282  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  40.87 
 
 
264 aa  183  3e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.76 
 
 
473 aa  183  3e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.41 
 
 
463 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.21 
 
 
463 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2654  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.77 
 
 
262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0051  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.99 
 
 
245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0142442  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.8 
 
 
472 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.69 
 
 
277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  44.67 
 
 
462 aa  182  6e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.03 
 
 
276 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.03 
 
 
276 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  43.21 
 
 
464 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  39.1 
 
 
479 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  45.68 
 
 
472 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.34 
 
 
273 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.68 
 
 
472 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.15 
 
 
482 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  43.21 
 
 
464 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.44 
 
 
269 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  42.26 
 
 
472 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
281 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
278 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.56 
 
 
464 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.06 
 
 
478 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.38 
 
 
269 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
278 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  45.27 
 
 
472 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.39 
 
 
489 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
273 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.8 
 
 
273 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.39 
 
 
528 aa  176  4e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.96 
 
 
277 aa  176  6e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.52 
 
 
554 aa  175  7e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  40.49 
 
 
493 aa  175  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.67 
 
 
503 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.39 
 
 
464 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1324  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.86 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.867605  normal  0.902463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  42.39 
 
 
465 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.98 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.15 
 
 
464 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.98 
 
 
462 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3717  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.51 
 
 
288 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 
245 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00949185  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  41.15 
 
 
474 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  40.74 
 
 
465 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.16 
 
 
476 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1706  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.21 
 
 
297 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2904  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.26 
 
 
271 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3353  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38 
 
 
504 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422788  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.94 
 
 
478 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>