121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1648 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1648  hypothetical protein  100 
 
 		 72 aa  144  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.282998  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1972  SirA family protein  57.14 
 
 		 71 aa  87  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1756  SirA family protein  57.14 
 
 		 73 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807618  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2868  hypothetical protein  48.61 
 
 		 77 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2418  SirA family protein  48.61 
 
 		 77 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.753437  hitchhiker  0.000838905 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1650  SirA family protein  47.22 
 
 		 77 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2346  SirA family protein  47.22 
 
 		 77 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.416048  decreased coverage  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1696  SirA family protein  54.17 
 
 		 77 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1912  hypothetical protein  45.83 
 
 		 76 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.862683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1791  SirA family protein  44.44 
 
 		 77 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1784  SirA family protein  44.44 
 
 		 77 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.832592  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1828  SirA family protein  44.44 
 
 		 77 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.263187  normal  0.225214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2494  SirA family protein  44.44 
 
 		 77 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.284005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2436  SirA family protein  48.57 
 
 		 76 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00512226 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1842  SirA family protein  44.29 
 
 		 73 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.483322  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2170  SirA family protein  46.27 
 
 		 73 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1085  SirA family protein  28.57 
 
 		 77 aa  51.2  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0524  SirA family protein  33.33 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.842922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1218  SirA family protein  30 
 
 		 77 aa  48.5  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2228  SirA family protein  35.71 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2715  SirA family protein  35.71 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000196179 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2600  hypothetical protein  35.71 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3117  hypothetical protein  35.71 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3129  SirA-like  32.84 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.445608  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0868  hypothetical protein  33.33 
 
 		 75 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0967  SirA family protein  30.16 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.500955  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2932  SirA family protein  33.87 
 
 		 77 aa  47.4  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2642  SirA family protein  32.08 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140879  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2937  SirA-like  37.5 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0339  hypothetical protein  28.33 
 
 		 199 aa  46.2  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.331374  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1694  SirA family protein  36 
 
 		 75 aa  46.2  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304124  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0073  rhodanese domain-containing protein  27.42 
 
 		 354 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0962  SirA family protein  26.47 
 
 		 92 aa  47  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.3564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0075  rhodanese domain-containing protein  27.42 
 
 		 354 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0832  hypothetical protein  25.37 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3436  SirA family protein  34.62 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000543679  normal  0.174019 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0674  hypothetical protein  31.37 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.384362  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  34.43 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1982  hypothetical protein  30.61 
 
 		 79 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.948606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3493  SirA-like  34.55 
 
 		 94 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1548  SirA family protein  26.87 
 
 		 80 aa  45.4  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0325283 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0688  SirA family protein  31.15 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1404  SirA family protein  38.78 
 
 		 85 aa  46.2  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0684683  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0166  SirA family protein  35.09 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.766434  normal  0.899413 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  36.73 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2575  molybdopterin cofactor biosynthesis MoaC region  34.62 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1466  SirA family protein  34 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0584  SirA family protein  38.3 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.255131  hitchhiker  0.00753187 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1455  SirA family protein  30.77 
 
 		 74 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.316855  normal  0.421643 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3614  SirA family protein  36 
 
 		 76 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000103575 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4504  hypothetical protein  31.37 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117975 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0740  hypothetical protein  31.37 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0137112  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0688  hypothetical protein  31.37 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.301237  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0872  hypothetical protein  31.37 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000063042 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0778  hypothetical protein  31.37 
 
 		 75 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0598  SirA family protein  29.85 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2894  SirA family protein  26.98 
 
 		 75 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2086  SirA family protein  39.13 
 
 		 81 aa  44.3  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.204116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0826  SirA family protein  36.73 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2653  SirA-like protein  30 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00012248  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1959  redox protein regulator of disulfide bond formation-like  33.33 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000373287  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0811  SirA-like protein  34.69 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0756  SirA family protein  36.73 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0477358 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0975  SirA-like protein  28.79 
 
 		 101 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2890  SirA family protein  31.51 
 
 		 189 aa  43.9  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2572  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.96 
 
 		 834 aa  43.9  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0240201  hitchhiker  0.00088706 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2187  SirA family protein  32.69 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0108315  hitchhiker  0.000000214154 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0090  SirA family protein  23.88 
 
 		 85 aa  43.9  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0719339  normal  0.137098 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2083  SirA family protein  34.62 
 
 		 79 aa  43.9  0.0008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0811704  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2557  hypothetical protein  32.69 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00791893  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2098  SirA family protein  24.64 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2572  SirA family protein  24.64 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.410608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  34.69 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4578  SirA-like protein  31.67 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.408362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3688  SirA-like  30.88 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1333  hypothetical protein  33.33 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0089  SirA-like protein  33.93 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.741748  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0952  SirA-like  31.67 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  26.67 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1434  SirA family protein  31.67 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0561  SirA family protein  29.41 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00147914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1881  SirA family protein  31.67 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.045708 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1412  SirA family protein  31.67 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.960057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4174  SirA family protein  34 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.197617  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0174  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  34 
 
 		 938 aa  42.7  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2434  rhodanese-like domain-containing protein  25.42 
 
 		 356 aa  42.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1873  SirA-like  35.29 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.265759  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1779  hypothetical protein  29.63 
 
 		 199 aa  42.7  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0565  SirA family protein  32.2 
 
 		 189 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000944688  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0404  SirA family protein  29.03 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.188444  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0810  hypothetical protein  34.69 
 
 		 75 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1314  SirA family protein  31.67 
 
 		 75 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35370  SirA-like protein  34 
 
 		 83 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1353  SirA family protein  31.67 
 
 		 75 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2801  SirA family protein  30 
 
 		 77 aa  41.6  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.205489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0038  SirA family protein  25 
 
 		 78 aa  41.6  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000689982  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0939  hypothetical protein  27.45 
 
 		 75 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000269274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0429  hypothetical protein  31.03 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0594568  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1662  hypothetical protein  31.03 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0398143  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0734  hypothetical protein  31.03 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>