235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3688 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3688  SirA-like  100 
 
 		 80 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3129  SirA-like  75.64 
 
 		 80 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.445608  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2937  SirA-like  72.97 
 
 		 97 aa  105  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6347  hypothetical protein  68.66 
 
 		 71 aa  104  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341476  normal  0.150375 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0975  SirA-like protein  70.27 
 
 		 101 aa  104  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2429  SirA-like  69.33 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4174  SirA family protein  64.94 
 
 		 85 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.197617  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3493  SirA-like  64.47 
 
 		 94 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.73146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1873  SirA-like  63.16 
 
 		 82 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.265759  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0978  SirA family protein  61.11 
 
 		 80 aa  88.2  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0114244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4368  SirA family protein  60.29 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3548  SirA family protein  59.42 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.379024  normal  0.567232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0831  SirA family protein  58.82 
 
 		 93 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.616604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0903  SirA family protein  56.34 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0179319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5387  SirA family protein  66.67 
 
 		 89 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.895582  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5996  SirA family protein  56.34 
 
 		 89 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00696256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0863  SirA family protein  56.34 
 
 		 88 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252783  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7291  SirA family protein  57.14 
 
 		 87 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2570  SirA family protein  48.53 
 
 		 78 aa  65.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0845145  normal  0.388571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1458  SirA-like  42.65 
 
 		 78 aa  63.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000274297  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_004310  BR2034  hypothetical protein  43.06 
 
 		 85 aa  62  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3601  SirA family protein  41.1 
 
 		 74 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3894  SirA family protein  41.1 
 
 		 74 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401469  hitchhiker  0.00420681 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  43.66 
 
 		 77 aa  61.2  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3088  SirA-like  45.31 
 
 		 75 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2339  SirA family protein  42.86 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0889916  normal  0.318145 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2217  hypothetical protein  42.42 
 
 		 76 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.403117  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0033  hypothetical protein  41.1 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000671264  normal  0.064173 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4059  hypothetical protein  45.33 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0868  hypothetical protein  40.58 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0807  SirA family protein  42.65 
 
 		 101 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.720013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0717  SirA family protein  40 
 
 		 102 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178055  normal  0.908547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2132  hypothetical protein  42.65 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00495785  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0631  SirA family protein  35.29 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.161479 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2819  SirA-like protein  38.16 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0940  hypothetical protein  37.14 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000596514  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3746  SirA family protein  36.99 
 
 		 74 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00371656  unclonable  0.000000591857 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0810  hypothetical protein  35.29 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0674  hypothetical protein  38.57 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.384362  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0861  SirA-like  38.24 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0904  SirA family protein  43.48 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.849606  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4504  hypothetical protein  40 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117975 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1085  SirA family protein  38.24 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0826  SirA family protein  35.29 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.24854 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2642  SirA family protein  45.28 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.140879  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0794  SirA family protein  37.68 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000819157  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0756  SirA family protein  35.29 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0477358 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1937  SirA family protein  37.68 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.559837  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0090  SirA family protein  48.15 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0719339  normal  0.137098 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0026  SirA family protein  37.68 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000175689  normal  0.0503522 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0939  hypothetical protein  35.71 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000269274  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1412  SirA family protein  36.76 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.960057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4578  SirA-like protein  36.76 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.408362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1959  redox protein regulator of disulfide bond formation-like  48.08 
 
 		 103 aa  53.9  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000373287  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0952  SirA-like  36.76 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.872302  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1434  SirA family protein  36.76 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1881  SirA family protein  36.76 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.045708 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2557  hypothetical protein  38.57 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00791893  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0920  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1839  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1662  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0398143  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2640  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0863392  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0734  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1684  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109756  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1453  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2187  SirA family protein  38.57 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0108315  hitchhiker  0.000000214154 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0429  hypothetical protein  39.13 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0594568  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2324  SirA family protein  42.03 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0434291  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0811  SirA-like protein  36.76 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0842772 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1593  SirA family protein  40.58 
 
 		 78 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.433427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0574  hypothetical protein  36.76 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000789219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2653  SirA-like protein  40.28 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00012248  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3059  SirA-like  40.28 
 
 		 76 aa  53.5  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282994  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1314  SirA family protein  36.76 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0125  SirA family protein  36.23 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1353  SirA family protein  36.76 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.563442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0688  SirA family protein  39.13 
 
 		 75 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0778  hypothetical protein  37.14 
 
 		 75 aa  52  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0093  SirA-like protein  41.67 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1333  hypothetical protein  35.29 
 
 		 77 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4317  SirA family protein  41.94 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.602123  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0872  hypothetical protein  37.14 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000063042 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0740  hypothetical protein  37.14 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0137112  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0688  hypothetical protein  37.14 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.301237  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1860  SirA family protein  35.29 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771633  normal  0.0684437 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1011  SirA-like  36.76 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0832  hypothetical protein  43.33 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1718  SirA family protein  32.35 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2801  SirA family protein  35.29 
 
 		 77 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.205489 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  35.29 
 
 		 76 aa  51.2  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2558  SirA family protein  42.03 
 
 		 80 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.488236 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1134  hypothetical protein  35.29 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450728 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2399  SirA-like  46.94 
 
 		 74 aa  50.4  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.433209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2088  hypothetical protein  42.03 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0107447  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3614  SirA family protein  46.94 
 
 		 76 aa  50.1  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000103575 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2894  SirA family protein  34.78 
 
 		 75 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3728  SirA family protein  36.76 
 
 		 81 aa  50.1  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.288657  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2618  SirA-like protein  43.48 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2705  SirA family protein  36.62 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0561  SirA family protein  36.23 
 
 		 75 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00147914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>