More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1099 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1099  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
392 aa  785    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7334  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.79 
 
 
393 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1979  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.9 
 
 
394 aa  397  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.64 
 
 
395 aa  397  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1820  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
393 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.49 
 
 
407 aa  388  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.815426 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  40.21 
 
 
416 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.17 
 
 
404 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.11 
 
 
395 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
395 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.87 
 
 
433 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.88 
 
 
407 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  36.99 
 
 
429 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.02 
 
 
452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  36.63 
 
 
406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
406 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.88 
 
 
406 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.2 
 
 
393 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  36.36 
 
 
383 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  35.95 
 
 
404 aa  233  6e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.11 
 
 
419 aa  231  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
406 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
407 aa  230  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.14 
 
 
406 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
407 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.89 
 
 
406 aa  229  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.15 
 
 
406 aa  229  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  36.48 
 
 
381 aa  229  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  36.48 
 
 
381 aa  229  9e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.75 
 
 
381 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5721  putative Formyl-CoA transferase  34.09 
 
 
396 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.37862 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
406 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4446  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase /bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
393 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.46 
 
 
411 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  35.87 
 
 
425 aa  227  3e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
415 aa  227  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  35.88 
 
 
381 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.14 
 
 
426 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
394 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.35 
 
 
413 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  33.91 
 
 
406 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  36.14 
 
 
420 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.59 
 
 
399 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.19 
 
 
418 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.89 
 
 
406 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  34.16 
 
 
406 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
426 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
418 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.62 
 
 
381 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  34.65 
 
 
427 aa  224  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
406 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.18 
 
 
401 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.603541  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
415 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  36.51 
 
 
393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.57 
 
 
407 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.04 
 
 
406 aa  223  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
406 aa  222  9e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.75 
 
 
407 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
406 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
568 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
577 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
544 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.65 
 
 
422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3535  putative L-carnitine dehydratase  36.87 
 
 
427 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
406 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  34.35 
 
 
411 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.13 
 
 
413 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
413 aa  220  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00966775  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2368  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  37.63 
 
 
435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  36.29 
 
 
448 aa  219  5e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  35.53 
 
 
414 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  34.41 
 
 
407 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.38 
 
 
413 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
423 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
406 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  35.64 
 
 
406 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.62 
 
 
396 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
401 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.944742  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
415 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
406 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.83 
 
 
406 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.91 
 
 
406 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.15 
 
 
381 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
434 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.55 
 
 
424 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  35.61 
 
 
409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.51 
 
 
398 aa  216  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
396 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
396 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5243  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
385 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.431214  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.06 
 
 
415 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  35.62 
 
 
395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.33 
 
 
435 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  35.26 
 
 
401 aa  215  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  34.16 
 
 
402 aa  216  8e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.11 
 
 
396 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  33.91 
 
 
407 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.53 
 
 
411 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>