More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1423 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1423  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 
166 aa  347  4e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.796142  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4503  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  64.63 
 
 
166 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0966  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  46.43 
 
 
211 aa  166  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.99 
 
 
229 aa  157  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.662861 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0067  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  40.62 
 
 
332 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1883  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.37 
 
 
192 aa  134  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.888786  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1195  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.33 
 
 
139 aa  89.4  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0848344  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0126  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  30.41 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0182  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.48 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2592  NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit  43.24 
 
 
134 aa  72  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2714  hydrogenase 4 subunit H  31.21 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.594807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1279  hydrogenase 4 subunit H  30 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.641192  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0712  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.42 
 
 
179 aa  64.7  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00445731  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2185  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  30 
 
 
184 aa  63.9  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2429  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
181 aa  63.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839749  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4569  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  31.18 
 
 
189 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2860  hydrogenase 4 subunit H  28.57 
 
 
179 aa  63.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3193  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  28.75 
 
 
180 aa  61.6  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1636  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  27.22 
 
 
179 aa  60.5  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0109811  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02380  hydrogenase 4, Fe-S subunit  25.6 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2049  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.44 
 
 
132 aa  58.9  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0933914 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3000  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.93 
 
 
180 aa  58.9  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397657  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2276  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.44 
 
 
132 aa  58.9  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0276213  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02342  hypothetical protein  25.6 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2622  hydrogenase 4 subunit H  25.6 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1188  hydrogenase 4 subunit H  25.6 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.40586 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3522  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.96 
 
 
128 aa  58.9  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2969  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.93 
 
 
180 aa  58.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3035  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.93 
 
 
180 aa  58.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101448 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3158  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.93 
 
 
180 aa  58.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.088865 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3051  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.93 
 
 
180 aa  57.8  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1867  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.09 
 
 
179 aa  57.4  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3019  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.33 
 
 
128 aa  57.4  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  28.46 
 
 
211 aa  57.4  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.43 
 
 
132 aa  57.4  0.00000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2041  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.45 
 
 
165 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000212693  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3176  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  28.21 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4489  NADH dehydrogenase subunit I  28.21 
 
 
175 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.159742 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1794  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.52 
 
 
132 aa  56.2  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.178845  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0969  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25 
 
 
180 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1609  NADH dehydrogenase subunit I  29.27 
 
 
163 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0554  NADH dehydrogenase subunit I  29.27 
 
 
168 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0829  NADH dehydrogenase subunit I  31.45 
 
 
163 aa  55.5  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260339  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1043  NADH dehydrogenase subunit I  31.97 
 
 
163 aa  55.1  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2845  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.69 
 
 
180 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.105843 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3156  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.69 
 
 
180 aa  55.1  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02570  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur protein  24.69 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0318  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.35 
 
 
175 aa  55.1  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188751  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1572  NADH dehydrogenase subunit I  28.21 
 
 
174 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0992  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.69 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0453581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02535  hypothetical protein  24.69 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1542  NADH dehydrogenase subunit I  28.21 
 
 
174 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.383544  normal  0.0726132 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.27 
 
 
129 aa  54.7  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1596  NADH dehydrogenase subunit I  28.21 
 
 
174 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.557888  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2856  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.69 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3971  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.69 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0546  NADH dehydrogenase subunit I  27.69 
 
 
217 aa  54.7  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.175795  normal  0.434998 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1877  NADH dehydrogenase subunit I  27.35 
 
 
174 aa  54.7  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0825  NADH dehydrogenase subunit I  27.2 
 
 
163 aa  54.3  0.0000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0677  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.41 
 
 
148 aa  54.3  0.0000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3008  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  24.07 
 
 
180 aa  54.3  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0477  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  28.46 
 
 
300 aa  54.3  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.376416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3296  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  53.9  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1222  putative oxidoreductase  30.39 
 
 
616 aa  53.9  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0767368  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3221  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  26.52 
 
 
254 aa  53.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1282  NADH-quinone oxidoreductase chain I  26.15 
 
 
185 aa  52.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.425102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0346  NADH dehydrogenase I, I subunit  27.87 
 
 
132 aa  53.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2225  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.56 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3251  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  28.28 
 
 
153 aa  52.8  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3281  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  32.65 
 
 
254 aa  53.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.472008  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2708  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  28.21 
 
 
247 aa  53.1  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1735  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30 
 
 
120 aa  52.4  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.19658  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2828  NADH dehydrogenase subunit I  28.57 
 
 
166 aa  52.4  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2697  NADH dehydrogenase subunit I  28.57 
 
 
166 aa  52.4  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03240  NADH dehydrogenase subunit I  26.92 
 
 
187 aa  52  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0708  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  25 
 
 
153 aa  52.4  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00573386  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0961  NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit  35.29 
 
 
146 aa  52  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.195043  normal  0.804187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3918  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  25.62 
 
 
132 aa  52  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0394  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  27.35 
 
 
175 aa  51.6  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5420  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5145  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4977  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4995  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5471  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0547  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  25.93 
 
 
226 aa  52  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.481769 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5534  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0249659 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13174  NADH dehydrogenase subunit I  27.59 
 
 
218 aa  52  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  27.62 
 
 
176 aa  52  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5537  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  27.87 
 
 
182 aa  52  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2576  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  30.63 
 
 
264 aa  52  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1251  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.9 
 
 
147 aa  52  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5093  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4002  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  25.62 
 
 
132 aa  52  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.89067e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2784  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.7 
 
 
175 aa  52  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2792  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.7 
 
 
175 aa  52  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3814  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5416  NADH dehydrogenase subunit I  27.27 
 
 
139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1921  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  24.78 
 
 
153 aa  51.6  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.160971  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1272  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.63 
 
 
270 aa  51.6  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>