More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4503 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4503  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 
166 aa  350  7e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1423  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  64.63 
 
 
166 aa  228  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.796142  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0966  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50 
 
 
211 aa  166  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48.17 
 
 
229 aa  160  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.662861 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1883  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.14 
 
 
192 aa  137  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.888786  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0067  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  35.67 
 
 
332 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1195  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
139 aa  94.4  6e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0848344  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0126  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  30.67 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2860  hydrogenase 4 subunit H  28.99 
 
 
179 aa  77  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0182  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.59 
 
 
194 aa  76.6  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2714  hydrogenase 4 subunit H  29.34 
 
 
189 aa  75.1  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.594807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02380  hydrogenase 4, Fe-S subunit  29.59 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02342  hypothetical protein  29.59 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2185  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  28.99 
 
 
184 aa  74.7  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1188  hydrogenase 4 subunit H  29.59 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.40586 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2622  hydrogenase 4 subunit H  29.59 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0712  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  27.98 
 
 
179 aa  73.6  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00445731  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1279  hydrogenase 4 subunit H  29.17 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.641192  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1636  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  28.14 
 
 
179 aa  70.9  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0109811  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2225  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.25 
 
 
119 aa  68.9  0.00000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2592  NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit  39.02 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3000  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397657  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4569  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  27.43 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3158  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.088865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2845  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.105843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0318  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.74 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188751  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3008  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1867  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.16 
 
 
179 aa  64.3  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02570  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur protein  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3156  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3971  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02535  hypothetical protein  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2969  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.51 
 
 
180 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3035  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.51 
 
 
180 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101448 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0992  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0453581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2856  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.95 
 
 
180 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0969  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.95 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3051  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.51 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3710  hydrogenase 4 subunit H  28.4 
 
 
181 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2429  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  25.15 
 
 
181 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839749  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3193  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.35 
 
 
180 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3522  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.43 
 
 
128 aa  62.4  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4736  NADH dehydrogenase subunit I  32.43 
 
 
173 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.72 
 
 
129 aa  61.6  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2635  hydrogenase 4 subunit H  28.99 
 
 
181 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2770  hydrogenase 4 subunit H  28.99 
 
 
181 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1181  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.59 
 
 
181 aa  59.7  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0346  NADH dehydrogenase I, I subunit  27.42 
 
 
132 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  30.97 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
182 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  28.69 
 
 
182 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
182 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1040  NADH dehydrogenase subunit I  23.58 
 
 
193 aa  59.7  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000326556 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1011  NADH dehydrogenase subunit I  23.58 
 
 
193 aa  59.7  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2528  NADH dehydrogenase subunit I  23.58 
 
 
200 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  28.69 
 
 
182 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  33.33 
 
 
182 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0374  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.14 
 
 
160 aa  58.9  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  30.63 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  30.63 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0677  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.65 
 
 
148 aa  58.5  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3281  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  33.33 
 
 
254 aa  58.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.472008  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  33 
 
 
180 aa  58.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  30.63 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  30.63 
 
 
182 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  58.5  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1344  NADH dehydrogenase subunit I  22.09 
 
 
202 aa  58.2  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
180 aa  58.2  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  34.34 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6086  NADH dehydrogenase subunit I  29.31 
 
 
211 aa  58.2  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00224994  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2543  NADH dehydrogenase subunit I  29.36 
 
 
180 aa  57.8  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1401  NADH dehydrogenase subunit I  29.36 
 
 
180 aa  57.8  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.590324  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4984  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.68 
 
 
330 aa  57.4  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0279248  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1578  NADH dehydrogenase subunit I  22.86 
 
 
209 aa  57.4  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.116678  normal  0.902926 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2765  NADH dehydrogenase subunit I  30.28 
 
 
180 aa  57.4  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1354  NADH dehydrogenase subunit I  30.91 
 
 
171 aa  57.4  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.253044  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01771  NADH dehydrogenase subunit I  23.94 
 
 
208 aa  57.4  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.351878  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01881  NADH dehydrogenase subunit I  23.94 
 
 
208 aa  57  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1667  NADH dehydrogenase subunit I  26.21 
 
 
193 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1499  NADH dehydrogenase subunit I  30.28 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02321  NADH dehydrogenase subunit I  24.59 
 
 
218 aa  56.6  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2715  NADH dehydrogenase subunit I  24.39 
 
 
194 aa  57  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.451197 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0161  NADH dehydrogenase subunit I  23.94 
 
 
208 aa  57  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.646634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1333  NADH dehydrogenase subunit I  31.82 
 
 
171 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26891  NADH dehydrogenase subunit I  25.87 
 
 
218 aa  57  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  33.33 
 
 
180 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1526  NADH dehydrogenase subunit I  24.59 
 
 
218 aa  56.6  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0147  ech hydrogenase subunit F  26.32 
 
 
122 aa  56.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>