More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0318 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0318  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 
175 aa  362  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188751  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2784  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.19 
 
 
175 aa  122  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2792  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.19 
 
 
175 aa  122  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2185  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  37.58 
 
 
184 aa  119  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.233255 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0182  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.37 
 
 
194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4569  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  40.16 
 
 
189 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1636  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  32.75 
 
 
179 aa  105  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0109811  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0712  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  30.99 
 
 
179 aa  103  2e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00445731  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1279  hydrogenase 4 subunit H  30.91 
 
 
189 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.641192  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02380  hydrogenase 4, Fe-S subunit  34.59 
 
 
179 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2622  hydrogenase 4 subunit H  34.59 
 
 
179 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02342  hypothetical protein  34.59 
 
 
179 aa  102  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2714  hydrogenase 4 subunit H  32.32 
 
 
189 aa  102  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.594807  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1188  hydrogenase 4 subunit H  34.59 
 
 
179 aa  102  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.40586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2429  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  36.5 
 
 
181 aa  102  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839749  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1867  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.62 
 
 
179 aa  100  9e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2860  hydrogenase 4 subunit H  36.89 
 
 
179 aa  97.8  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0126  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  32.47 
 
 
176 aa  97.4  9e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3000  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397657  normal  0.0115018 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3193  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  30.89 
 
 
180 aa  92  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2969  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.06 
 
 
180 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3035  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.06 
 
 
180 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000101448 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3158  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.06 
 
 
180 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.088865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02570  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur protein  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3971  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2856  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02535  hypothetical protein  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0992  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0453581 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2845  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  91.3  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.105843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3051  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.06 
 
 
180 aa  90.9  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3156  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  90.9  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3008  formate hydrogenlyase complex iron-sulfur subunit  26.67 
 
 
180 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0969  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.06 
 
 
180 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01000  NADH:ubiquinone oxidoreductase chain I-like protein  36.57 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.598496  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3710  hydrogenase 4 subunit H  37.7 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2635  hydrogenase 4 subunit H  38.52 
 
 
181 aa  79  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1181  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.7 
 
 
181 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2770  hydrogenase 4 subunit H  37.7 
 
 
181 aa  77.8  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3786  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  43.43 
 
 
256 aa  77  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.312558 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0341  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  36.52 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000925299  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.58 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.49 
 
 
229 aa  74.3  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.662861 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3814  NADH dehydrogenase subunit I  33.88 
 
 
139 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01881  NADH dehydrogenase subunit I  35.85 
 
 
208 aa  73.2  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2225  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.04 
 
 
119 aa  73.2  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0161  NADH dehydrogenase subunit I  35.85 
 
 
208 aa  73.2  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.646634  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01791  NADH dehydrogenase subunit I  35.85 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01771  NADH dehydrogenase subunit I  35.85 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.351878  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  35.94 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  39.42 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  39.42 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  39.42 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  39.42 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5420  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5534  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0249659 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5145  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4977  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4995  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5471  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5537  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5093  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5416  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3718  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  40 
 
 
256 aa  71.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0184008  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  37.96 
 
 
182 aa  71.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1011  NADH dehydrogenase subunit I  36.54 
 
 
193 aa  71.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1040  NADH dehydrogenase subunit I  36.54 
 
 
193 aa  71.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000326556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5386  NADH dehydrogenase subunit I  32.23 
 
 
139 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1901e-17 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  37.74 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3660  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  39 
 
 
256 aa  71.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  36.67 
 
 
199 aa  71.2  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  37.74 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  37.74 
 
 
180 aa  71.2  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2528  NADH dehydrogenase subunit I  35.58 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1692  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  39.81 
 
 
171 aa  69.7  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2041  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.66 
 
 
165 aa  69.7  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000212693  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.7  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3522  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  39.36 
 
 
128 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  38.46 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2543  NADH dehydrogenase subunit I  37.04 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  38.46 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1883  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.13 
 
 
192 aa  69.3  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.888786  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4057  NADH dehydrogenase subunit I  35.4 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.819652  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4455  NADH dehydrogenase subunit I  35.4 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.833546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1667  NADH dehydrogenase subunit I  33.02 
 
 
193 aa  68.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1401  NADH dehydrogenase subunit I  37.74 
 
 
180 aa  69.3  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.590324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>