112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1205 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1205  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1112  putative transmembrane protein  97.17 
 
 		 247 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.75356  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1284  hypothetical protein  80.24 
 
 		 248 aa  343  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2036  hypothetical protein  54.65 
 
 		 255 aa  228  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2033  transmembrane protein  54.65 
 
 		 251 aa  205  6e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0461  putative transmembrane protein  41.09 
 
 		 239 aa  156  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1355  putative transmembrane protein  39.22 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0203  hypothetical protein  34.67 
 
 		 230 aa  116  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1290  hypothetical protein  36.63 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0282  hypothetical protein  36.89 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0252  hypothetical protein  38.14 
 
 		 223 aa  106  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0850  hypothetical protein  29.91 
 
 		 211 aa  97.1  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2482  hypothetical protein  34.08 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2424  hypothetical protein  35.86 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1473  hypothetical protein  33.47 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.068517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1792  hypothetical protein  30.64 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2923  hypothetical protein  37.27 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1290  hypothetical protein  30.91 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2066  integral membrane protein  28.51 
 
 		 220 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1988  hypothetical protein  30.16 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0945  hypothetical protein  32.93 
 
 		 272 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1049  hypothetical protein  34.06 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1310  hypothetical protein  34.21 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2221  hypothetical protein  31.15 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157963  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1844  hypothetical protein  32.1 
 
 		 230 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106534  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1922  hypothetical protein  26.87 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02062  integral membrane protein  34.2 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157996  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0932  hypothetical protein  29.18 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.748857  normal  0.699875 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1046  hypothetical protein  29.49 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.165842  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0771  hypothetical protein  31.9 
 
 		 344 aa  72  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000418366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2418  hypothetical protein  29.69 
 
 		 230 aa  72  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0165025  decreased coverage  0.000000160717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003474  membrane protein  27.78 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.551919  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0375  hypothetical protein  27.31 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.767045  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1093  hypothetical protein  33.68 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02296  hypothetical protein  26.07 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1009  hypothetical protein  33.68 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1143  hypothetical protein  25.93 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00632883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4494  hypothetical protein  28.88 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2208  hypothetical protein  28.88 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224679  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2357  hypothetical protein  28.7 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2414  hypothetical protein  33.19 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1952  hypothetical protein  29.57 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2163  hypothetical protein  30.43 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2218  hypothetical protein  29.54 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2213  hypothetical protein  30.43 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113796  normal  0.262784 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2221  hypothetical protein  30 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000192671  normal  0.249817 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1371  hypothetical protein  28 
 
 		 225 aa  67  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.538624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2013  hypothetical protein  29.09 
 
 		 230 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000381426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1962  hypothetical protein  29.09 
 
 		 230 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2114  hypothetical protein  29.09 
 
 		 230 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.141432  normal  0.255263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2541  hypothetical protein  25.91 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.832454  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1570  membrane protein  25.87 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.403322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0686  hypothetical protein  30.69 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1992  hypothetical protein  28.38 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0778906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1815  hypothetical protein  27.95 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.42452  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0675  hypothetical protein  33.95 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2784  hypothetical protein  30.08 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0538  hypothetical protein  29.6 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1798  hypothetical protein  30.67 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.442592  normal  0.18393 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1841  hypothetical protein  23.9 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2119  heavy metal transport/detoxification protein  28.42 
 
 		 621 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5319  hypothetical protein  33.33 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1666  hypothetical protein  23.41 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.809334  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3422  hypothetical protein  36.86 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.6315  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1994  hypothetical protein  35.19 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2489  integral membrane protein  28.37 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0864666 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3557  hypothetical protein  31.92 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0172503  normal  0.774445 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2017  hypothetical protein  28.36 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2297  ferric reductase domain-containing protein protein transmembrane component domain-containing protein  30 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3048  hypothetical protein  33.78 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1939  hypothetical protein  30.08 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.172428  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1158  hypothetical protein  56.67 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.102701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2612  hypothetical protein  39.67 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.471108  normal  0.594742 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1485  hypothetical protein  22.93 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3785  hypothetical protein  33.68 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0684997  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0720  hypothetical protein  30.15 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0477616  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44460  hypothetical protein  33.16 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1245  hypothetical protein  29.79 
 
 		 228 aa  58.9  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1236  hypothetical protein  36.93 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1338  hypothetical protein  36.93 
 
 		 223 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1176  hypothetical protein  37.5 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.526094  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1574  hypothetical protein  25.43 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0899  hypothetical protein  28.1 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1191  Ferric reductase domain protein transmembrane component domain protein  30.21 
 
 		 409 aa  55.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0373  hypothetical protein  24.77 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1224  hypothetical protein  33.33 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.042848  normal  0.766858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3828  hypothetical protein  33.64 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1229  hypothetical protein  33.33 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19930  hypothetical protein  40.66 
 
 		 289 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1095  hypothetical protein  36.96 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.598703  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3773  hypothetical protein  30.34 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1605  hypothetical protein  49.37 
 
 		 198 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.100156  normal  0.0122342 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2083  hypothetical protein  26.53 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000109984  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0238  hypothetical protein  30.77 
 
 		 393 aa  53.5  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.563587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1814  hypothetical protein  32.71 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4263  hypothetical protein  48.1 
 
 		 227 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0792  hypothetical protein  25.93 
 
 		 288 aa  52  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0800  hypothetical protein  27.18 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3581  hypothetical protein  45.57 
 
 		 227 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0115  hypothetical protein  31.05 
 
 		 259 aa  50.8  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>