115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3828 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3828  hypothetical protein  100 
 
 		 227 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4263  hypothetical protein  95.15 
 
 		 227 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1814  hypothetical protein  85.9 
 
 		 227 aa  318  6e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44460  hypothetical protein  83.26 
 
 		 227 aa  308  4e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2612  hypothetical protein  82.38 
 
 		 227 aa  307  9e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.471108  normal  0.594742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1605  hypothetical protein  94.44 
 
 		 198 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.100156  normal  0.0122342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3785  hypothetical protein  81.94 
 
 		 227 aa  305  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0684997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3581  hypothetical protein  94.27 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3422  hypothetical protein  81.06 
 
 		 249 aa  298  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.6315  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1994  hypothetical protein  82.27 
 
 		 227 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31903  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19930  hypothetical protein  80.62 
 
 		 289 aa  288  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2414  hypothetical protein  51.63 
 
 		 279 aa  195  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2221  hypothetical protein  46.61 
 
 		 235 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000192671  normal  0.249817 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2163  hypothetical protein  47.06 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.434143  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2213  hypothetical protein  47.06 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.113796  normal  0.262784 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4494  hypothetical protein  47.06 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2208  hypothetical protein  47.06 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0224679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0282  hypothetical protein  50.93 
 
 		 232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2357  hypothetical protein  46.26 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1952  hypothetical protein  45.33 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2013  hypothetical protein  46.26 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000381426 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1962  hypothetical protein  46.26 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2114  hypothetical protein  46.26 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.141432  normal  0.255263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2218  hypothetical protein  45.7 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2418  hypothetical protein  47.06 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0165025  decreased coverage  0.000000160717 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1992  hypothetical protein  45.33 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0778906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1792  hypothetical protein  49.32 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2221  hypothetical protein  42.86 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157963  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2017  hypothetical protein  42.13 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1798  hypothetical protein  48.17 
 
 		 230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.442592  normal  0.18393 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1844  hypothetical protein  45 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2923  hypothetical protein  51.92 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2424  hypothetical protein  48.11 
 
 		 220 aa  165  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1988  hypothetical protein  41.08 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1310  hypothetical protein  42.86 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0203  hypothetical protein  43.81 
 
 		 230 aa  159  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2482  hypothetical protein  48 
 
 		 221 aa  159  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0932  hypothetical protein  41.51 
 
 		 231 aa  157  9e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.748857  normal  0.699875 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2066  integral membrane protein  40.09 
 
 		 220 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1570  membrane protein  40 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.403322  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1290  hypothetical protein  44.24 
 
 		 236 aa  148  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02296  hypothetical protein  38.46 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003474  membrane protein  40.62 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.551919  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1049  hypothetical protein  48.1 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0538  hypothetical protein  40 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1046  hypothetical protein  43.44 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.165842  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0675  hypothetical protein  42.72 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0252  hypothetical protein  44.83 
 
 		 223 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02062  integral membrane protein  38.39 
 
 		 219 aa  135  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157996  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0727  hypothetical protein  41.75 
 
 		 249 aa  132  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.227366  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0771  hypothetical protein  38.86 
 
 		 344 aa  131  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000418366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1290  hypothetical protein  35.75 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0945  hypothetical protein  41.62 
 
 		 272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1473  hypothetical protein  41.62 
 
 		 273 aa  126  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.068517  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1095  hypothetical protein  38.07 
 
 		 186 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.598703  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1158  hypothetical protein  35.29 
 
 		 236 aa  92.4  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.102701 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1922  hypothetical protein  34.67 
 
 		 226 aa  92.4  6e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1245  hypothetical protein  31.63 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0373  hypothetical protein  27.88 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0850  hypothetical protein  31.4 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1236  hypothetical protein  40.8 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1338  hypothetical protein  40.8 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2119  heavy metal transport/detoxification protein  31.1 
 
 		 621 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1176  hypothetical protein  40.3 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.526094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1229  hypothetical protein  37.86 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5319  hypothetical protein  34.98 
 
 		 253 aa  79  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2541  hypothetical protein  28.33 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.832454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3048  hypothetical protein  37.38 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0375  hypothetical protein  25.87 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.767045  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1224  hypothetical protein  38.89 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.042848  normal  0.766858 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1371  hypothetical protein  32.86 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.538624  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2083  hypothetical protein  31.88 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000109984  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2036  hypothetical protein  34.6 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1815  hypothetical protein  32.43 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.42452  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0792  hypothetical protein  33.93 
 
 		 288 aa  72  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1112  putative transmembrane protein  34.5 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.75356  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1143  hypothetical protein  28.57 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00632883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0185  hypothetical protein  26.87 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000266535  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1485  hypothetical protein  25.84 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1574  hypothetical protein  30.59 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2297  ferric reductase domain-containing protein protein transmembrane component domain-containing protein  31.78 
 
 		 410 aa  68.9  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0800  hypothetical protein  34.47 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0461  putative transmembrane protein  35.45 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2489  integral membrane protein  25.48 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0864666 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1666  hypothetical protein  25.36 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.809334  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0899  hypothetical protein  30.95 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0467  hypothetical protein  31.72 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0238  hypothetical protein  34.29 
 
 		 393 aa  65.9  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.563587 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1841  hypothetical protein  25.36 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1191  Ferric reductase domain protein transmembrane component domain protein  30.05 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0576  hypothetical protein  32.93 
 
 		 279 aa  63.2  0.000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0856861  normal  0.814109 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0686  hypothetical protein  29.47 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1205  hypothetical protein  34.93 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50447  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1284  hypothetical protein  37.22 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1849  heavy metal transport/detoxification protein  25.35 
 
 		 499 aa  60.8  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0745  Heavy metal transport/detoxification protein  27.41 
 
 		 471 aa  61.6  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1959  hypothetical protein  31.4 
 
 		 423 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.178526  normal  0.959874 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1831  hypothetical protein  33.18 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1355  putative transmembrane protein  33.49 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0550104 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1939  hypothetical protein  33.15 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.172428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>