78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4554 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5702  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  86.25 
 
 		 372 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1584  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  91.91 
 
 		 372 aa  706    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1591  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  92.72 
 
 		 372 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.442624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4554  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  100 
 
 		 373 aa  777    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4159  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  68.73 
 
 		 359 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1563  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  64.21 
 
 		 392 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.246626  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3103  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  60.92 
 
 		 368 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1044  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  62.81 
 
 		 368 aa  480  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.131119 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1011  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  60.22 
 
 		 368 aa  473  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3299  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  60.22 
 
 		 368 aa  473  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2912  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  59.3 
 
 		 368 aa  466  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1987  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  59.62 
 
 		 367 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0246  Methionine synthase vitamin-B12 independent  60.6 
 
 		 371 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2698  methionine synthase, vitamin-B12 independent  47.03 
 
 		 373 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0426462  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3388  methionine synthase, vitamin-B12 independent  49.33 
 
 		 377 aa  363  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.101975  normal  0.0229793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1745  Methionine synthase vitamin-B12 independent  49.73 
 
 		 373 aa  363  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.963683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1586  methionine synthase, vitamin-B12 independent  48.27 
 
 		 371 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36700  methionine synthase II (cobalamin-independent)  49.07 
 
 		 373 aa  359  4e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.829252  normal  0.784973 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1559  Methionine synthase vitamin-B12 independent  49.06 
 
 		 369 aa  358  6e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3379  Methionine synthase vitamin-B12 independent  48.41 
 
 		 376 aa  351  1e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.101236  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1870  methionine synthase, vitamin-B12 independent  47.37 
 
 		 378 aa  350  2e-95  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1661  hypothetical protein  47.38 
 
 		 366 aa  347  2e-94  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1081  methionine synthase, vitamin-B12 independent  46.17 
 
 		 379 aa  339  4e-92  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.351458  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1718  hypothetical protein  44.27 
 
 		 378 aa  330  2e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3283  Methionine synthase vitamin-B12 independent  43.26 
 
 		 394 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1801  methionine synthase II (cobalamin-independent)  45.21 
 
 		 375 aa  326  4.0000000000000003e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1803  hypothetical protein  43.05 
 
 		 375 aa  316  4e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0752  hypothetical protein  41.76 
 
 		 369 aa  305  7e-82  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.751192  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0268  Methionine synthase vitamin-B12 independent  40.92 
 
 		 375 aa  290  2e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1190  methionine synthase II (cobalamin-independent)  37.9 
 
 		 385 aa  265  8e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2926  Methionine synthase vitamin-B12 independent  39.67 
 
 		 367 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3115  Methionine synthase vitamin-B12 independent  38.5 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05019  Methionine synthase, vitamin-B12 independent, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12060)  34.92 
 
 		 438 aa  228  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.807041 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0933  methionine synthase (B12-independent)  35.22 
 
 		 369 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.254746  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1254  MetE protein  33.42 
 
 		 385 aa  191  1e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0585  methionine synthase vitamin-B12 independent  26.22 
 
 		 388 aa  97.8  3e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.246635  hitchhiker  0.00634375 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1170  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocystei ne methyltransferase  24.04 
 
 		 388 aa  90.1  5e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2516  methionine synthase, vitamin-B12 independent  24.32 
 
 		 340 aa  90.1  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57162 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2758  methionine synthase vitamin-B12 independent  23.42 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000302857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0030  methionine synthase, vitamin-B12 independent  22.84 
 
 		 384 aa  79.3  0.00000000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2108  methionine synthase  24.1 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.112744  normal  0.0912449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0648  methionine synthase (B12-independent)  23.8 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0945  methionine synthase vitamin-B12 independent  23.51 
 
 		 384 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.8649  hitchhiker  0.000170069 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1089  Methionine synthase vitamin-B12 independent  24.62 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1072  methionine synthase, vitamin-B12 independent  23.1 
 
 		 384 aa  73.6  0.000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.564481 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0080  methionine synthase  24.85 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0497366  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2396  Methionine synthase vitamin-B12 independent  24.02 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1757  methionine synthase  23.78 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2667  methionine synthase  23.87 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2248  methionine synthase  21.53 
 
 		 331 aa  62.4  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.88722  normal  0.0178602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5820  Methionine synthase vitamin-B12 independent  20.7 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.392769 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0981  methionine synthase vitamin-B12 independent  24.08 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4810  methionine synthase (B12-independent)  23.28 
 
 		 370 aa  57  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0521  methionine synthase, vitamin-B12 independent  23.26 
 
 		 361 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2409  methionine synthase, vitamin-B12 independent  22.37 
 
 		 377 aa  54.7  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1385  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  21.13 
 
 		 332 aa  53.5  0.000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.25974  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04810  methionine synthase II (cobalamin-independent)  32.29 
 
 		 404 aa  52.8  0.000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0581869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3721  Methionine synthase vitamin-B12 independent  21.83 
 
 		 365 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0129115  normal  0.3687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2188  methionine synthase (B12-independent)  22.45 
 
 		 344 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2808  Methionine synthase II (cobalamin-independent)- like protein  23.66 
 
 		 395 aa  50.4  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1991  methionine synthase, vitamin-B12 independent  22.98 
 
 		 390 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4334  Methionine synthase vitamin-B12 independent  22.28 
 
 		 354 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0520376  normal  0.182105 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0538  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  26.98 
 
 		 767 aa  47.8  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.952319  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3839  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  22.81 
 
 		 343 aa  47.4  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12410  methionine synthase II (cobalamin-independent)  22.38 
 
 		 403 aa  47  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00635164  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1726  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  23.24 
 
 		 348 aa  46.6  0.0008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0182289 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8776  MetE  21.07 
 
 		 367 aa  45.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0288  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  21.13 
 
 		 784 aa  44.7  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0465  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  21.13 
 
 		 784 aa  44.7  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070963 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2812  Methionine synthase II (cobalamin-independent)- like protein  23.65 
 
 		 396 aa  43.9  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0333252  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04443  Cobalamin-independent methionine synthase (EC 2.1.1.14) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9P444]  24.71 
 
 		 774 aa  43.9  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3248  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  35.38 
 
 		 781 aa  43.5  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01036  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  21.35 
 
 		 346 aa  43.5  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.370026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2549  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  33.85 
 
 		 757 aa  43.5  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0189  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  32.47 
 
 		 777 aa  43.1  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0934  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine S-methyltransferase  35.06 
 
 		 784 aa  43.1  0.007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20790  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  22.45 
 
 		 343 aa  43.1  0.007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02800  5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase  21.83 
 
 		 344 aa  42.7  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>