134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4300 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  100 
 
 
519 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  64.99 
 
 
520 aa  597  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  72.09 
 
 
536 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  74.88 
 
 
503 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  68.53 
 
 
455 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  69.18 
 
 
496 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  33.03 
 
 
493 aa  211  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  33.86 
 
 
537 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  33.7 
 
 
520 aa  203  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  32.27 
 
 
503 aa  199  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  31.96 
 
 
575 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  56.8 
 
 
568 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  29.22 
 
 
408 aa  160  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  48.98 
 
 
588 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  31.55 
 
 
418 aa  150  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  29.38 
 
 
411 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  29.48 
 
 
419 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  48.44 
 
 
361 aa  140  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  46.67 
 
 
330 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  45.8 
 
 
344 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  45.04 
 
 
347 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  45.04 
 
 
354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  45.32 
 
 
349 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.81 
 
 
230 aa  81.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.85 
 
 
292 aa  77  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.11 
 
 
215 aa  73.6  0.000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.15 
 
 
253 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  38.57 
 
 
264 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 
247 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.11 
 
 
257 aa  67.8  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.44 
 
 
270 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.82 
 
 
187 aa  66.6  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.1 
 
 
250 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.68 
 
 
260 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.76 
 
 
235 aa  65.9  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.91 
 
 
251 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.19 
 
 
211 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.39 
 
 
270 aa  63.2  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.83 
 
 
209 aa  63.2  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.04 
 
 
243 aa  63.2  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.42 
 
 
475 aa  62  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.25 
 
 
269 aa  61.6  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.88 
 
 
183 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.09 
 
 
184 aa  60.5  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2124  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.85 
 
 
216 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.402934  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1220  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.96 
 
 
413 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.68044  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
398 aa  58.2  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.46 
 
 
212 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.14 
 
 
142 aa  57.4  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5983  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.97 
 
 
396 aa  57.4  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.538368  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 
368 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.21 
 
 
209 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.78 
 
 
144 aa  55.8  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4121  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.29 
 
 
396 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.48 
 
 
210 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0604  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.09 
 
 
326 aa  55.1  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.66709  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.57 
 
 
171 aa  54.7  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 
219 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.19 
 
 
142 aa  54.3  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.93 
 
 
376 aa  53.9  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.48 
 
 
292 aa  53.9  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.91 
 
 
257 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.32 
 
 
309 aa  53.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.68 
 
 
281 aa  53.5  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2219  hypothetical protein  29.03 
 
 
298 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0511486  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  30 
 
 
266 aa  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.36 
 
 
214 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2689  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
278 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287545  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.25 
 
 
214 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.84 
 
 
294 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.32 
 
 
278 aa  52  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.63 
 
 
303 aa  51.6  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.09 
 
 
268 aa  51.6  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.19 
 
 
281 aa  50.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1290  hypothetical protein  36.28 
 
 
248 aa  50.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1289  hypothetical protein  36.28 
 
 
248 aa  50.4  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.69 
 
 
217 aa  49.7  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.550857  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1022  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.63 
 
 
411 aa  49.7  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.575167 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.17 
 
 
370 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0855  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.84 
 
 
541 aa  49.3  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.914763  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09580  Ykud domain-containing protein  27.61 
 
 
514 aa  49.3  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00711473  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2863  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.11 
 
 
339 aa  48.9  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.772314  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2123  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.23 
 
 
219 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.58 
 
 
291 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.48 
 
 
397 aa  49.3  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.45 
 
 
386 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1784  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  22.58 
 
 
236 aa  48.5  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.909249  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.58 
 
 
142 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.84 
 
 
273 aa  48.5  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  31.67 
 
 
143 aa  48.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.85 
 
 
205 aa  48.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.698671 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.24 
 
 
263 aa  48.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.65 
 
 
256 aa  47.8  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1021  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.97 
 
 
417 aa  47.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.451264  normal  0.540486 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.08 
 
 
272 aa  47.4  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.45 
 
 
386 aa  47.4  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.24 
 
 
278 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1745  hypothetical protein  29.32 
 
 
187 aa  47.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0385777 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1402  hypothetical protein  23.88 
 
 
276 aa  47  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0846  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.95 
 
 
559 aa  47  0.0009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.203875 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>